Воспитанники Лицея имели свою внутреннюю организацию. Вновь поступавшие принимались голосованием в курсе. Первый, то есть старший, класс имел известные права в самой жизни Лицея. Он выбирал генералов «от фронта», «от кухни» и т. д. Первый следил за дисциплиной всех воспитанников, второй — за уровнем питания. В Лицее было два музея: Пушкиниана и Лицеана, в них хранились реликвии и воспоминания о поэте и о других выдающихся лицеистах, как, например, о князе А. М. Горчакове, канцлере Российской Империи, бывшем одного выпуска с Пушкиным. Об этих музеях заботились два генерала очередного старшего класса, от Пушкинианы и от Лицеаны. По окончании Лицея выходящий курс в особой церемонии передавал права курсу, переходящему в первый класс. Лицеисты во всех классах делились на приходящих, живших дома с родителями, и казеннокоштных, живших в Лицее.
За свое существование с 1811-го по 1917-й год Лицей сумел создать и сохранить замечательную атмосферу внутренней искренней дружбы, лишенной всякого высокомерия, в сознании своих обязанностей как представителей служилого класса, однако с известным духом либерализма и просвещенного гуманизма, унаследованного от первого курса и установленного тогда Пушкиным, Пущиным, Кюхельбекером и бароном Дельвигом. Эта дружба распространялась не только на членов того курса, к которому лицеист принадлежал: она была общая для всех лицеистов, от стариков до молодежи, и по окончании Лицея получала яркое подтверждение в ежегодном праздновании дня основания Лицея 19 октября по старому стилю, где все лицеисты в данном городе собирались на общий банкет. Внешний жест, которым это сродство душ и умов подтверждалось, был поцелуй, которым лицеисты обменивались при встрече, и не только учась в Лицее, но и потом в частной жизни. Монархические убеждения были тверды, и особой любовью пользовалась государыня Мария Федоровна, Августейшая Покровительница Лицея. Она иногда приезжала в Лицей и обходила классы. Младшие лицеисты, невзирая на любую погоду, бежали в одних курточках по саду до ворот за выездом Государыни.
В Лицее была введена 12-балльная система. При выпуске воспитанники за блестящие успехи награждались Большой золотой (большая редкость) и малыми золотыми медалями. Но и по окончании каждого класса за высокий средний балл в награду выдавались ценные книги по собственному выбору награждаемых. Номер курса отмечался римскими цифрами. Я был воспитанником LXXIV курса. Последним курсом, окончившим Лицей весной 1917 года, был LXXIX. Внимательно читающим эти строки может прийти в голову вопрос: почему в Лицее за 106 лет существования оказалось только 79 курсов? Объясняется это тем, что во второй половине XIX столетия выпуски были через полтора года.
