Основным ядром ЦКБ были конструкторы и расчетчики из коллективов Григоровича, Поликарпова, группы Ришара, а также пополнение с других заводов. Численность конструкторов увеличили за счет вольнонаемных специалистов, среди которых были А.С. Яковлев, В.Б. Шавров, А.Н. Рафаэльянц. Штат ЦКБ-39, вошедшего в состав Технического отдела Экономического управления ОГПУ, составлял около 300 человек. Эскизные проекты самолетов делались в отделе общих видов, после чего рассматривались и утверждались решающей инстанцией — Техническим советом ЦКБ. Далее чертежи разрабатывались конструкторским отделом. Параллельно работали группы и отделы по аэродинамике, прочности, по моделям и макетам, контролю чертежей, вооружению, по морским самолетам, по подготовке производства, по статическим и летным испытаниям. В.Б. Шавров вспоминал:
«ГПУ, посадившее множество инженерно-технических работников старшего поколения, решило взять на себя опытное строительство самолетов. Мол, при таком положении вредительства не будет. Начальником ЦКБ был двухромбовый гепеуст, над ним был трехромбовый, а над этим — четырехромбовый. Сверху — Яг ода, а над Ягодой — Менжинский. Были и нижестоящие чины.
ГПУ решило собрать на заводе №-39 всех, кто работал у Ришара, Поликарпова, Бартини. И, прежде всего, был составлен обширный план работ ЦКБ. И план этот базировался на следующем предположении: у Туполева опытный самолет строится четыре года, а мы будем строить за три недели. У нас триста человек штата, так всех бросим на одно задание, чтобы быстро его выполнить. ЦКБ — мощная организация, которая, навалившись с силами на любое задание, сможет быстро его выполнить. ГПУ было убеждено, что именно так и будет.
Часть людей в ЦКБ была вольной, а часть — «арестованные». Мы, вольные, были подчинены последним, хотя они жили под стражей и даже не могли отлучаться с завода. Арестованные были нашими начальниками, а над ними — ГПУ, которое постоянно во все вмешивалось».
Осенью 1931 года ЦКБ-39 было реорганизовано. Централизованное проектирование заменили системой сквозных бригад, специализированных по классам самолетов. Были образованы бригады: истребителей (H.H. Поликарпов), разведчиков (С.А. Кочеригин), самолетов дальнего действия (П.О. Сухой), морских самолетов (И.И. Погосский, И.В. Четвериков), винтовых аппаратов (А.М. Изаксон), вооружения (А.В. Надашкевич), воздушных винтов (B.J1. Александров), колес и лыж (А.И. Машкевич), стандартов и нормалей (П.А. Дудукалов) и другие. Чуть позже образовалась бригада по дальним бомбардировщикам (С.В. Ильюшин) и Объединенное бюро стандартов (ОБСА).
