По разным оценкам, численность православных в Антиохийском Патриархате в середине XIX в. достигала 60-110 тыс. (около 8–9% от всего населения Сирии). В 40-х годах XIX в. здесь насчитывалось около 290 священников и 250 церквей, 17 монастырей и 110 монашествующих. Епископы ставились, как правило, из монахов или из числа овдовевших священников. Священник рукополагался на приход с согласия местной общины, обязанной после избрания подчиняться ему и обеспечивать его содержание. Время от времени региональные общины христиан соперничали между собой за влияние в Патриархате. Наибольшую роль играли общины Дамаска, традиционной столицы Сирии и Патриаршей резиденции, и Халеба, экономического центра страны. Иногда подобное соперничество приводило к внутрицерковным смутам, когда Патриарший престол оспаривали друг у друга ставленники разных общин.
В 1860 г. сирийских христиан постигла трагедия, когда в Дамаске в ходе резни и погрома была уничтожена значительная часть христианской общины города и разрушены все церкви.
Результатом теплых отношений между Русской и Антиохийской Православными Церквями стало открытие в 1848 г. Антиохийского подворья в Москве (в Ипатьевском переулке). Возникшее в России в 1882 г. Императорское Православное Палестинское Общество с конца XIX в. активно сотрудничало с Антиохийским Патриархатом и создало в Сирии сеть образовательных учреждений, ориентированных на русскую культуру.
Почти всю историю Церкви Антиохийский престол занимали исключительно клирики греческого происхождения. В 1870–1900 г.г. Иерусалимский и Антиохийский Патриархаты охватил греко-арабский конфликт. Главным требованием сирийских арабов было возвращение Антиохийского престола в руки арабских иерархов. В 1872 г. митрополиты-арабы в Бейруте пытались низложить грека Иерофея I, но отступили под давлением османских властей. Лишь с огромным трудом греческой партии удалось в 1891 г. добиться избрания своего ставленника, митрополита Фаворского Спиридона. После двух лет ожесточенного противоборства победу одержал арабский кандидат, митрополит Мелетий Думани. Митрополиты-греки покинули Сирию, а соседние Патриархаты долгое время отказывались признавать Мелетия, считая его избрание неканоничным. Отношения были нормализованы лишь в 1906 г. при следующем Патриархе, Григории III Хаддаде. С тех пор Антиохийская Церковь сохраняет чисто арабский характер. При этом же Патриархе в 1906 г. создается устав Антиохийской Церкви.
