Большинство сенаторов, Помпей и консулы, не имея в Италии войск, спешно отправились через Брундизий в Грецию. Цезарь не успел перерезать им путь, хоть и занял Адриатическое побережье Италии. Он взял город Корфиний, но пленных отпустил, в том числе и двух враждебных ему сенаторов. Это был акт снисхождения, который в той войне повторялся многократно, дабы развеять опасения напуганных перспективой новых проскрипций.
После краткого пребывания в Риме, где он собрал оставшихся сенаторов и занял государственную казну, Цезарь по суше отправляется в Испанию. Марсель закрыл перед ним ворота. При Илерде Цезарь разбил войска Помпея, которыми командовали его наместники, в частности, Марк Теренций Варрон, а на обратном пути, при осаде Марселя, он узнал, что по предложению претора Марка Эмилия Лепида он объявлен диктатором. По возвращении в Рим Цезарь провел законы, дающие льготы при оплате долгов и право вернуться изгнанным или их потомкам. Через одиннадцать дней он снял с себя диктаторские полномочия и отправился в Брундизий, чтобы переправиться через Адриатику.
48 до н. э.
В начале года Цезарь переправился из Брундизия в Диррахий в Эпире, где на протяжении нескольких месяцев вел с войсками Помпея позиционную войну. Затем он двинулся в Фессалию, где 9 августа в сражении при Фарсале победил превосходящего его по численности Помпея. Сенаторам позволено было вернуться в Рим, а солдат включили в состав легионов.
Бежавший Помпей был злодейски убит под Пелузием у берегов Египта по приказу молодого царя Птолемея XIII, который вел там военные действия против своей изгнанной сестры Клеопатры.
В погоне за Помпеем Цезарь достиг Александрии, где ему доставили голову убитого. Клеопатре удалось пробраться в царский дворец и встретиться с Цезарем. Однако попытка примириться с братом не удалась. Цезарь с Клеопатрой находились в осажденном войсками Птолемея и жителями Александрии дворце с осени этого года — так называемая александрийская война.
На весть о победе при Фарсале Цезарь был объявлен в Риме диктатором на год.
47 до н. э.
Александрийская война продолжалась до марта. На помощь прибыл Митридат из Пергама; в его корпусе был и Антипатр, отец Ирода. Птолемей XIII погиб в бою. Цезарь сделал Клеопатру царицей Египта. Она вышла замуж за своего младшего брата. Римский полководец и царица путешествуют по Египту до конца весны. Уже после отъезда Цезаря Клеопатра родила сына, Птолемея XV, называемого в народе Цезарионом (Цезаренком).
