Вскоре после гибели вице-адмирала Макарова, в Порт-Артур прибыл наместник и Главнокомандующий Российскими вооружёнными силами на Дальнем Востоке адмирал Алексеев, который принял на себя командование флотом Тихого океана, до той поры пока в Порт-Артур не прибудет из Санкт-Петербурга, только, что назначенный командовать флотом Тихого океана, член адмиралтейств-совета вице-адмирал Скрыдлов. Вместе с ним из столицы выезжал, назначенный командовать эскадрой Тихого океана вице-адмирал Безобразов. Адмирал Алексеев подняв 3 апреля свой флаг на “Севастополе” у которого были погнуты лопасти винтов, молча дал понять, что выходить в море он не собирается и следовательно русские корабли перестали выполнять те обязанности, для которых они были предназначены, даже обязательное дежурство крейсеров на внешнем рейде было отменено. Рано утром 2 апреля Х.Того подошёл к Порт-Артуру, для того, чтобы произвести третью бомбардировку города и порта. Подойдя на предельную дистанцию выстрела главных калибров, японские крейсера: “Ниссин” и “Кассуга” открыли огонь, их огонь корректировали вставшие напротив прохода крейсера: “Кассаги” и “Такасаго”. Из крепости им отвечал перекидным огнём, фактически только броненосец “Пересвет”, отправив в сторону неприятеля 28 из 34 снарядов в общей сложности выпущенных по неприятелю русской эскадрой и добившись одного достоверного попадания в броненосный крейсер “Ниссин”. Эскадренный броненосец “Севастополь” также открыл огонь по неприятелю, но после третьего залпа при угле возвышения 15 градусов, сломался станок одного 12” орудия носовой башни, ремонт которого в условиях Порт-Артура был невозможен, в результате чего броненосец лишился одного из четырёх орудий главного калибра, что сильно снизило его артиллерийскую мощь. Выпустив по русской крепости не менее полутора сотен снарядов и не добившись ни одного серьёзного попадания, неприятельские корабли скрылись из поля видимости русских береговых наблюдательных постов и ушли в море.
После решения послать с Балтики на Дальний Восток еще одну эскадру, структура флота Тихого океана была реорганизована. Эскадра, находящаяся в Порт-Артуре стала именоваться “1-я эскадра флота Тихого океана”, а отряд крейсеров получил название “Отдельный отряд крейсеров 1-й эскадры флота Тихого океана”. Наместник на Дальнем Востоке адмирал Алексеев учредил на эскадре Тихого океана находящейся в Порт-Артуре новые должности: начальника отряда броненосцев (контр-адмирал князь Ухтомский, ввиду ремонта “Пересвета” флаг перенесен на “Ослябя”), начальника отряда крейсеров (капитан 1 ранга Рейценштейн), и начальника минной обороны (контр-адмирал Лощинский).
