С падением Константинополя и с отступлением арабов по всему Средиземноморью после знаменитой битвы при Аепанто некоторые ученые путешественники-мусульмане, а позже и христиане, посетили фиванские руины. Но даже в XVII веке немногие понимали, что открывалось их взорам. Справедливости ради следует сделать исключение для иезуитов, поскольку известно, что отцы Протий и Франсуа тщательно изучили Фивы и сделали рисунки и важные измерения, кроме того, они посетили Долину царей. Но в конечном итоге они не были в состоянии связать между собой собранные материалы, поэтому не могли с уверенностью утверждать, что это были именно древние Стовратные Фивы. Позже, в 1707 году, иезуит Клод Сикар, направленный миссионером в Каир, был послан самим королем Франции с заданием подняться вверх по Нилу, произвести съемку местности и составить план, зафиксировав на нем все более или менее значительные руины.
Похоже, что он добрался до Асуана и Филе, а располагая книгами Страбона и Диодора Сицилийского, он мог точно определить местоположение Фив и их Некрополя. Он составил точное его описание, в котором сообщил о десяти гробницах, потрясших его. Многие из его бумаг попали во Францию, и отрывки из них иезуиты напечатали в своих изданиях. Он умер в Каире во время чумы 1726 года; часть собранного им ценнейшего материала была утеряна, но все же можно сказать, что именно этот человек открыл Фивы вновь после тысячелетия неопределенности.
Это открытие пробудило любопытство его современников. Если верить надписи, сделанной на одной из гробниц и со временем стершейся или просто потерянной, другой священнослужитель, Ричард Покок, побывал в Долине царей 16 сентября 1739 года. Новизна опубликованной им работы заключалась в том, что он включил в нее подробную карту Долины, указав расположение гробниц, хотя некоторые из них так и не были обнаружены. В 1790 году Джеймс Брюс выпустил в свет пять объемистых томов, содержащих великолепную работу по Египту. Свое путешествие он предпринял в 1768 году и включил в книгу описание старых Фив, раскинувшихся по обоим берегам реки. Брюс сделал рисунок плиты из гробницы Рамсеса III с изображением двух арфистов, возможно, слепых, чем настолько потряс романтически настроенных людей, что с тех пор эта гробница известна под названием могилы Брюса.
В конце XVIII века были предприняты другие раскопки, место которых сейчас трудно определить точно. В свое время они получили общее название
