Понятно, что Макарову как бывшему прокурору было довольно сложно сработаться со своими подчиненными — на многие вопросы он смотрел с точки зрения законности, и это не всем нравилось. Обладая неплохими ораторскими способностями, Макаров часто поднимался на думскую трибуну, чтобы отстоять тот или иной законопроект, разработанный Министерством внутренних дел, ответить на запросы депутатов, дать справку по расследуемым уголовным делам или разъяснения по сложным вопросам внутренней жизни империи. По словам
В. Н. Коковцова, сменившего на посту председателя Совета министров Столыпина, выступления Макарова в Государственной думе, причем по делам «крайне щекотливого свойства, отличались всегда большим тактом, эрудицией и определенностью и снискали ему то уважение, без которого участие в работе законодательных учреждений для представителя правительственной власти просто невозможно».
Товарищем министра внутренних дел А. А. Макаров служил до января 1909 года, получив за это время чин тайного советника и одновременно став сенатором. 1 января 1909 года он был назначен государственным секретарем, что для него было «весьма неприятно». 17 января 1909 года А. А. Макаров, без освобождения от своих основных обязанностей, был утвержден членом Алексеевскою главного комитета по призрению детей лиц, погибших в войне с Японией. За служебное рвение он был удостоен новых наград: ордена Святого Владимира 2-й степени, золотого нагрудного знака в память столетнего юбилея Государственной канцелярии, и, как жест особой милости, ему был пожалован фотографический снимок их императорских величеств вместе с наследником.
Когда в сентябре 1911 года от руки террориста погиб председатель Совета министров и министр внутренних дел П. А. Столыпин, император Николай II разделил его обязанности между двумя лицами: предложил пост председателя Совета министров Владимиру Николаевичу Коковцову, а министра внутренних дел — А. А. Макарову. С января 1912 года Макаров одновременно являлся и членом Государственного совета.
В первых числах апреля произошло трагическое событие на приисках Ленского золотопромышленного товарищества — колонна рабочих организованно направилась к администрации, чтобы вручить прошение прокурору, но была расстреляна. Ленская трагедия всколыхнула всю страну. В Петербурге началась стачка протеста, которая быстро перекинулась и на другие губернии.
В это время Макаров находился на отдыхе в Крыму. 6 апреля он получил от своего заместителя И. М. Золотарева срочную телеграмму, немедленно выехал в Петербург и уже 9 апреля прибыл в столицу. Страсти кипели вовсю. Левые партии в Государственной думе внесли запрос правительству, требуя разъяснить создавшееся положение. Александру Александровичу, даже не успевшему полностью войти в курс дела, срочно пришлось выступить в Думе. Он произнес речь, неожиданная концовка которой всех ошеломила — о расстреле рабочих было сказано: «Так было, и так будет впредь». Эта фраза сыграла в его судьбе роковую роль.
