Зорко наблюдая за тем, что происходит на его родине в Средней Азии, Бабур вместе с тем не мог не думать о загадочной Индии, располагавшейся неподалёку от его новых владений. В январе 1505 года он совершил поход на Джаму и Пешевар. Тогда он в первый раз увидел Индию. «Когда я достиг их, то увидел новый мир, — вспоминает Бабур. — Трава была иная, деревья — другие, дикие животные — новых видов, птицы иного оперения, обычаи и нравы народа совершенно другие. Я был изумлён, и в самом деле это место вызывало изумление». Во время этого первого индийского похода были захвачены крепости Кохат, Бангаш и Нагз. В мае армия моголов вернулась в Кабул. Бабур не думал пока о создании могольского царства в Индии, поскольку ещё оставались надежды на сохранение власти Тимуридов в Средней Азии. В мае 1506 года вместе с правителем Герата Бади аз-Заманом и другими родичами Бабур отправился в поход против Шайбани-хана, но до военного столкновения тогда дело не дошло. Часть зимы он провёл в Герате, а в начале 1507 года, когда все перевалы были завалены снегом и стояли жестокие морозы, вернулся в Кабул.
В том же году, уже после отъезда Бабура, Шайбани-хан внезапным налётом овладел Гератом. Среди убитых в бою с узбеками был Зу-н-Нун Аргун, правитель Кандагара. Бабур поспешил к этому богатому городу и с боем захватил его. Но прошло совсем немного времени, и Кандагар был осаждён Шайбани-ханом. «Как только дошла об этом весть, — пишет Бабур, — я созвал беков и устроил совет. Я завёл речь о том, что столь чужие нам люди и исконные враги, как узбеки и Шайбани-хан, завладели всеми землями прежде подвластными потомкам Тимура… Я остался один в Кабуле; враг весьма силён, а мы — очень слабы. Заключить мир надежды нет, сопротивляться тоже нет возможности. Имея столь сильного и могущественного противника, нам надо найти для себя какое-нибудь место; пока ещё есть время и возможность, следует уйти подальше от такого мощного и грозного врага». После долгого совещания большинство беков высказалось за то, что следует уходить в Индию. Второй поход Бабура в Индию, начавшийся в сентябре 1507 года, был плохо организован и подготовлен. Он пишет: «Не проявив дальновидности, мы не подумали заранее, где бы обосноваться, ни места, куда идти, не было установлено, ни земли, чтобы жить там, не было намечено…» Спустя короткое время стало известно, что Шайбани-хан ушёл из-под Кандагара. Непосредственная угроза владениям Бабура миновала. В начале 1508 года он вернулся в Кабул и пробыл здесь до смерти Шайбани-хана, которая последовала в 1510 году. Узнав, что его враг погиб в бою с персидским шахом Исмаилом I, Бабур перешёл в наступление и в январе 1511 года завладел Кундузом. Тогда же под его власть перешла Фергана, а в октябре 1511 года также без боя сдался Самарканд. Однако уже в ноябре 1512 года узбеки принудили его навсегда оставить столицу Тимуридов. Бабур отказался от дальнейшей борьбы с этим воинственным народом и обратил свои помыслы на юг.
