В ноябре 1497 года вместе со своим двоюродным братом Али-мирзой Бабур изгнал из Самарканда правившего там в течение двух лет султана Байсонкура. Однако сам он удержался в столице Тимуридов всего три месяца и из-за недостатка продовольствия должен был оставить разорённый город. Между тем в его отсутствие непокорные беки, действовавшие от имени младшего брата Бабура Джихангир-мирзы, захватили и опустошили его родной Андижан, казнив кое-кого из близких ему людей. Бабур был потрясён. «Сколько я себя помню, — пишет он, — я не знал такого горя и страдания».
Так впервые Бабур пострадал от своих собственных родичей. Но самым опасным и сильным врагом его оказался Мухаммад Шайбани — хан кочевых узбеков. Воспользовавшись междоусобными войнами Тимуридов, он завоевал за несколько лет всю Среднюю Азию. Осенью 1500 года Шайбани-хан овладел Самаркандом. Весть об этом переполнила сердце Бабура горечью. «Почти сто сорок лет столичный город Самарканд принадлежал нашему дому, — пишет он в своих записках. — Неизвестно откуда взявшийся узбек, чужак и враг пришёл и захватил его!» Бабур немедленно двинулся на Самарканд и с ходу овладел им. Вслед за тем ему покорились все окрестные крепости. Шайбани-хан отступил в Бухару. В апреле 1501 года, собравшись с силами, он опять двинулся на Самарканд. На берегу Зеравшана Бабур дал ему бой. Обе стороны сражались с большим упорством, но узбеки сумели обойти левый фланг моголов и зашли к ним в тыл. Бабур был разбит. С десятью или двенадцатью человеками он бежал в Самарканд. Победители осадили город. Спустя несколько месяцев в Самарканде начался жестокий голод. «Дошло до того, что бедные и нуждающиеся стали есть собачье и ослиное мясо, — пишет Бабур. — Так как корм для коней сделался редкостью, то люди давали коням листья с деревьев… В это время Шайбани-хан завёл разговор о мире. Будь у нас надежда на помощь, будь у нас припасы, кто бы стал слушать слова о мире? Однако необходимость заставила. Заключив нечто вроде мира, мы ночью… вышли из ворот Шейх-Заде…»
Оставшийся без удела, Бабур отправился к своему дяде Махмуд-хану, правителю Ташкента. Вместе с ним он участвовал во многих стычках и набегах. Зная отвагу племянника, дядя охотно поручал ему трудные задачи, но не спешил с наградой. Махмуд не дал ему в управление ни одного из своих городов, на что Бабур одно время очень рассчитывал. Тогда в 1504 году он отправился искать счастья в Хорасан. «Моих людей, знатных и простых, которые с надеждой следовали за мной, было больше двухсот и меньше трёхсот, — пишет он, — в большинстве они были пешие с дубинами в руках, с грубыми башмаками на ногах и чапанами на плечах. Нужда дошла до того, что у нас было всего две палатки. Мой шатёр ставили для моей матушки, а для меня на стоянке готовили шалаш, и я жил в шалаше». В это время в Хорасане было неспокойно. Все ждали нападения Шайбани-хана. Правитель страны Хусайн Байкара находился в полной растерянности. Когда Бабур переправился через Амударью, три или четыре тысячи моголов, находившихся в Кундузе, пришли со своими домочадцами и присоединились к нему. Вскоре его силы ещё более возросли, так как на службу к Бабуру перешли все воины Хисрау-шаха, правителя Хисара. С этой армией в октябре 1504 года Бабур подступил к Кабулу, находившемуся в то время в руках Мукима, сына правителя Кандагара Зу-н-Нуна Аргуна. Тот сдал ему город без боя. Вскоре Бабур распространил свою власть на Газни и стал правителем обширного царства.
