Новая Республика была в опасности; граф де Руво, принужденный очистить Апулию, заперся в цитадели Пескара; герцог Рокка-Романа со своей кавалерией перешел на сторону кардинала; острова Понче и Пальмеорла, Капри, Иския и Прочида, - эти ключи к Неапольскому заливу, - обратились к повиновению при виде 4 линейных кораблей коммодора Трубриджа. Скипани был разбит шайкой Шиарпы; Фра-Дьяволо и Маммонэ рассеяли войска Бассетти; Спано был побежден поселянами Апулии; Мантонэ - калабрийцами кардинала Руффо. Один только Неаполь и еще несколько укрепленных пунктов признавали республиканское правление. Узнав об этих происшествиях, Нельсон хотел немедленно вести свою эскадру к Неаполю, но его задержало неожиданное известие. Брюи, обманув бдительность лорда Бридпорта, вышел из Бреста, проскочил Гибралтарский пролив и с эскадрой, состоявшей из 25 линейных кораблей, появился в Средиземном море. Эскадра адмирала Кейта устремилась за ним в погоню и 20 мая 1799 г. перед Порт-Магоном соединилась с отрядом контр - адмирала Докворта. Граф Сент-Винцент принял над нею начальство. Этим движением англичане освободили от блокады испанскую эскадру, стоявшую в Кадиксе, и адмирал Мазарредо, снявшись с 17 кораблями, в том числе 6 трехдечными, пришел в Картахену в тот самый день, как англичане стали на якорь в Порт-Магоне. К несчастью, один этот переход из Кадикса в Картахену совсем обессилил испанскую эскадру. На пути застал ее шторм, и из 17 кораблей 11 потеряли стеньги, тогда как английские корабли выдержали тот же самый шторм без всяких последствий. Брюи, назначение которого, как все думали, было идти к Египту, чтоб взять оттуда французскую армию и Бонапарта, снова вышел в море, а лорд Сент-Винцент, почувствовав, что болезнь его усиливается, сдал начальство над своей эскадрой лорду Кейту. Новый главнокомандующий, соединясь у мыса Сан-Себастьяна с 5 кораблями, отделенными к нему от Ламаншского флота, прежде всего позаботился о том, чтобы предостеречь эскадру Нельсона от нечаянного нападения. Поэтому он отрядил к Нельсону контр-адмирала Докворта с 4 кораблями и направился к Тулону в надежде, что там соберет некоторые сведения касательно направления эскадры Брюи.
Такие важные обстоятельства необходимо должны были оторвать Нельсона от опасных наслаждений Палермо. Он вернул капитана Трубриджа из Неаполя и отозвал капитана Балла от Мальты. Вскоре к нему присоединился адмирал Докворт, и его эскадра вновь достигла 16 линейных кораблей, в том числе 3 португальских. С этим флотом Нельсон расположился крейсерством на предполагаемом пути французской эскадры, на параллели острова Маритимо.
