Вопреки установившимся канонам Сталин считал, что хороший штабист никогда не подведет и на командной работе, но для того, чтобы быть полноценным штабным работником, надо знать жизнь войск. Поэтому ответственных работников Генштаба всех без исключения командировали на фронты очень часто и порой на продолжительное время. Такая практика в некоторых случаях заметно ослабляла состав Генерального штаба, создавала дополнительные трудности в его повседневной работе. Однако у Верховного Главнокомандующего и на сей счет существовала своя твердо установившаяся точка зрения: он полагал, и, очевидно, не без основания, что "на месте Генштаб всегда как-нибудь выкрутится", а войсковая практика в боевых условиях полезна каждому генштабисту, тем более руководителю Оперативного управления.
Итак, 10 января 1943 года А. И. Антонов выехал в первую свою командировку на фронт в качестве руководителя одного из ответственнейших управлений Генерального штаба. Советская Армия наступала тогда в трудных зимних условиях и одержала на указанных фронтах славные победы, но затем вынуждена была прекратить наступательные действия. А. И. Антонов, работая под руководством А. М. Василевского, вместе с командованием фронтов дал правильную оценку сложившегося положения. Эта оценка помогла Ставке разобраться в обстановке и перспективе ее дальнейшего развития на важнейшем в то время орловско-курском направлении.
Отличные знания, высокие организаторские способности, ясный ум и большая выдержка наряду с выдающимся оперативным дарованием, проявившимся уже в первое время работы А. И. Антонова в Генштабе, были для него лучшей аттестацией в глазах членов Ставки. По всем признакам получалось, что А. И. Антонову обеспечено длительное пребывание у кормила Оперативного управления. Но в отсутствие А. М. Василевского - а оно становилось все чаще и длительнее - на плечи Алексея Иннокентьевича ложился непомерный груз обязанностей начальника Генерального штаба. Исполнять одновременно две такие тяжелые должности, да еще во время войны, было не под силу даже Антонову. Убедившись в этом, Ставка освободила его от непосредственного руководства Оперативным управлением. Через пять месяцев пребывания в должности его начальника А. И. Антонов был назначен первым заместителем начальника Генштаба. Это позволило ему сосредоточить свои усилия на самом ответственном участке, практически возглавив Генеральный штаб. При этом, конечно, поддерживал контакт с А. М. Василевским, постоянно информировал его обо всем существенном, а взамен получал соответствующие советы и поддержку.
