Вопрос о взаимоотношениях Баркова с Ломоносовым был ключевым в освещении его биографии. В работах советских исследователей он все более последовательно интерпретировался в общественно-политическом плане, в контексте противостояния Ломоносова партии академиков-немцев в борьбе за национальную русскую науку и просвещение. Собственно, такой подход со всей определенностью был сформулирован еще в анонимном очерке для несостоявшегося издания «Вакханалический певец Иван Семенович Барков» (ЦГАЛИ). Если дореволюционные биографы, указывая на зависимость Баркова от Ломоносова, пользовались терминами «протеже», «пюпиль», то затем эти отношения стали определять понятиями «ученик», «последователь», «соратник».
Действительно, общение Баркова с Ломоносовым было самым длительным (с 1748 г. до смерти последнего в 1765 г.) и интенсивным; бесспорно, под влиянием Ломоносова отчасти определялись литературные интересы и замыслы Баркова. Предание (но, может быть, уже как чистое мифотворчество) фиксирует и их близкие личные отношения, причем сближение мыслилось на характерной почве. Ссылаясь на утраченную рукопись XVIII в., неизвестный автор упоминавшегося очерка рассказывал: «Барков был хорошо знаком с Ломоносовым и даже под конец его жизни сдружился с ним. Ломоносов любил его за постоянную веселость, резкость мнений и неистощимое остроумие, которым он так и сыпал в разговоре, тонко задевал смешные стороны тогдашних членов Академии и писателей… Незадолго до своей смерти, как известно, Ломоносов стал сильно пить, и в подобных возлияниях Бахусу непременно уж ему аккомпанировал Барков.
Ломоносов ценил Баркова, признавая в нем богатые способности; часто он говаривал ему: — „Не знаешь, Иван, цены себе, поверь, не знаешь!“[52]». Так же и Сумароков называл вместе имена Ломоносова и Баркова, как двух известных академических пьяниц[53].
Работа у Ломоносова вывела Баркова на поле занятий русской историей. В 1756–1757 гг. он сделал для Ломоносова копию Кенигсбергского (Радзивилловского) списка летописи Нестора, в 1759 г. «ежедневно после полудня» ходил к Ломоносову для переписывания его «Древней Российской истории», тогда же сверял изготовленную летописную копию с подлинным Кенигсбергским списком. Позже им были осуществлены две самостоятельные исторические работы: написан очерк русской истории от Рюрика до Петра I, вошедший в книгу «Гилмара Кураса. Сокращенная универсальная история <…> с приобщением Краткой российской истории вопросами и ответами в пользу учащегося юношества» (СПб., 1762)
