Для того чтобы проповедовать свое учение, Шанкара-чарье пришлось отвергнуть многие положения Вед, утверждающие, что Абсолютная Истина — это Верховная Личность, а джива — ее подчиненная часть. Жонглируя словами, он создал ложную теорию о том, что Брахман — это один только чистый имперсональный Брахман, а все воплощения Бога в этой Вселенной суть лишь проявления этого Брахмана. Это полностью перечеркнуло большую часть ведической литературы, в том числе и Бхагавад-гиту. Таким образом, Шанкарачарья противопоставил себя всем традиционным ведическим школам. Подобно Будде, он отказался отвечать на вопросы о природе космоса и заявил, что майя, энергия иллюзии, необъяснима.
Поскольку буддисты столетиями следовали философии полного атеизма и никогда бы не приняли идеи Верховной Божественной Личности, философия Шанкары была единственной системой взглядов, которую они могли принять. Это было что-то вроде компромисса между атеизмом и теизмом, но Шанкара построил свою доктрину именно на Ведах. Шанкара путешествовал по всей Индии, его аргументы везде брали верх, и буддизм склонился перед ними. Итак, цель была достигнута, и притом в такой степени, что книга Шанкары Шарирака-бхашья по сей день считается исчерпывающим толкованием Веданты.
Однако не следует забывать, чтоПураны признают Господа Шиву великим преданным Господа Вишну, Кришны. На своих изображениях Шива всегда предстает погруженным в медитацию, сосредоточенным на Абсолютной Истине, Шри Кришне. И сам Шанкара в течение своей жизни несколько раз открывал свои истинные взгляды, взгляды преданного Господа Кришны. Например, в Калади, родном городе Шанкары, рядом с усыпальницей его матери есть храм, в котором находится Божество Господа Кришны, установленное самим Шанкарой. Кроме того, в первом стихе его Гита-бхашьи говорится, что Нараяна (другое воплощение Господа Кришны), или Бхагаван (Верховная Божественная Личность), трансцендентен к материальному творению. В книге Бхагавад-гита с комментариями Шри Шанкарача-рьи Динкар Вишну Гокхале утверждает, что в своей «Медитации на Бхагавад-гиту» Господь Шива говорит:
«Приветствую тебя, о Вьяса. Искусство твоего могучего ума и твои глаза огромны, как полностью распустившийся лотос. Ты возжег светильник мудрости, наполнив его маслом Махабхараты». Шанкара утверждает также, что именно Бхагаван Кришна есть тот, «Чья слава воспета стихами Вед, о Ком повествуют певцы Сама-веды, Чьи доблести громогласно прославлены хором
