Мятеж римлян поставил под вопрос «renovatio imperii Romanorum» в самой ее сути, однако пока еще не означал ее краха. Не следует забывать, что многие императоры были вынуждены обороняться от восставших римлян и что уже Оттону I понадобилось более десяти лет, чтобы приучить римлян к своему владычеству над городом. Правда, Оттон III зашел гораздо дальше своего деда: он хотел, чтобы римляне внутренне подчинились ему. Поэтому, как показывает знаменитая речь, произнесенная им в Замке Святого Ангела в кульминационный момент восстания (Оттон перечислял в ней благодеяния, которыми он осыпал римлян, и упрекал их в вероломстве, которое он за это снискал), император был глубоко задет, когда римляне взбунтовались против него и (как он подчеркивал) против своего собственного возвышения. В растерянности он, будучи со своими друзьями-единомышленниками в монастыре Сан-Аполлинаре-ин-Классе и в обители отшельника Ромуальда в Переуме, наложил на себя тяжелую епитимью и даже думал после трех лет господства отказаться от него. Однако и в это время он не отрекся от борьбы за реновацию. Так, на пасхальном синоде в Равенне был окончательно решен венгерский вопрос. Спустя короткое время, в середине апреля, император тайно встретился с венецианским дожем Пьетро Орсеоло, своим «dilectus compater» («дорогим соотцом»). Оттон стал крестным отцом его младшей дочери, благодаря чему еще более укрепил узы духовного родства, которые и прежде связывали его с дожем. Очевидно, он вовлек дожа, так же, как и короля Венгерского, в свое подражавшее византийскому образцу «семейство королей» — еще один инструмент на службе «renovatio imperii».
Летом Оттон опять повернул на Рим, но так как города он взять не смог, то устремился дальше, на Беневент, также восставший. Беневент ему покорился, однако истинной целью оставался Рим. Император вполне мог надеяться, что добьется задуманного. Германские князья уже пообещали ему выделить для завоевания Рима новые воинские контингенты, появления которых он дожидался в Верхней Италии. В Византии, очевидно, также не сомневались в конечном успехе его предприятия, поскольку василевс в это время решил принять сватовство императора и направить к нему порфирородную принцессу — она была уже в пути. Однако невеста, так же как и войска, прибыла слишком поздно: император, которому уже давно нездоровилось, внезапно слег от тяжелой болезни и через несколько дней (24 января 1002 года), не достигнув и двадцати двух лет, скончался в замке Патерно на горе Соракт (Монте-Соратте). Поскольку Рим его отверг, он в качестве последней воли выразил желание быть погребенным в Ахене, рядом со своим кумиром Карлом Великим, примеру которого всегда следовал.
