В конце 1504 г. в Москве собрался церковный собор, осудивший еретиков, от которых вынужден был отступиться царь. Враждовавшие между собой «нестяжатели» и «осифляне» дружно выступили против еретиков и добились принятия решения о расправе над ними. Для большего устрашения низших и средних слоев населения, для окончательного искоренения ереси церковники решили казнить еретиков в обоих главных центрах возникновения и распространения ереси: в Москве и в Новгороде. В специально построенных клетках в Москве сожгли Ивана Курицына, Ивана Максимова, Дмитрия Пустоселова, в Новгороде — Некраса Рукавова, Ивана Черного и многих других.
Однако светская власть, вынужденная отступиться от жидовствующих, требования которых она пыталась использовать в своих целях, не отказалась от своих устремлений. По мере того как социальная база государства в лице дворянства и горожан укреплялась и становилась более мощной, государство усиливало натиск на имущественное положение и относительную независимость русской православной церкви. На церковном соборе 1580 г. светская власть сумела провести решение о том, чтобы архиереям и монастырям вотчин у служилых людей не покупать, в заклад по душе не брать и никакими способами своих владений не увеличивать; вотчины же, приобретенные или взятые в заклад архиереями и монастырями до принятия данного решения, отбирались в государственную казну, а царь сам должен был решать, платить за них долги или нет. Во всяком случае определенного ограничения церковных земельных владений светская власть добилась. Правда, последовавшая вскоре неспокойная и бурная событиями эпоха так называемого «смутного времени» мало способствовала проведению в жизнь этого решения. Но почин был сделан, светская власть добилась первого успеха в своем наступлении на церковное землевладение.
Следующий, более решительный шаг был сделан во время царствования Алексея Михайловича. В 1649 г. на земском соборе было принято соборное уложение, по которому церковным иерархам и монастырям запрещалось приобретение новых земель. Даже в том случае, когда умиравший вотчинник завещал свои земли какому-нибудь монастырю, разрешалось лишь получить их стоимость деньгами. При нарушении соборного уложения земли, полученные церковью, отбирались государством безвозмездно.
Православная церковь, разумеется, была крайне недовольна этим уложением, наносившим ей серьезный материальный ущерб, устами своего патриарха Никона она впоследствии назвала его «бесовским». Особое возмущение у православных иерархов вызывал учрежденный в 1649 г. Монастырский приказ, ведавший сбором доходов с монастырских вотчин и представлявший собой государственное судебно-административное учреждение.
