Помимо обеспечения глубинной связи HAARP должен был защитить США от угрозы ядерного взрыва на околоземной орбите, который вызвал бы сильнейший электромагнитный импульс, выводящий из строя все электрические сети. Предполагалось, что направленное на ионосферу излучение определенной частоты создаст щит, непроницаемый для электромагнитного импульса.
Во время строительства объекта появилась идея генерировать в ионосфере при помощи HAARP микроволновое излучение, способное уничтожать советские баллистические ракеты. Идею успели прозвать «щитом-убийцей», но затем, по официальным данным, от нее отказались в связи с нереализуемостью.
Строительство комплекса продолжалось почти 20 лет и обошлось в четверть миллиарда долларов. Причина заключается в том, что «новое мышление», а затем и уничтожение Советского Союза лишили актуальности противостояние субмарин двух сверхдержав в мировом океане, а с ним и саму главную задачу комплекса: установление глубинной связи с подлодками. В результате в процессе строительства HAARP постоянно менял «прописку» (хотя это можно трактовать и как «заметание следов», инструмент обеспечения большей секретности), находясь в подчинении то у Управления военно-морских исследований (Office of Naval Research), то у Исследовательской лаборатории ВВС США (Air Force Research Laboratory), то у Научно-исследовательского агентства Пентагона (DARPA). Соответственно, менялись и задачи, которые он должен был выполнять.
На одном из этапов комплекс предполагалось использовать для сканирования подземных сооружений вероятного противника, но по официальным данным эта задача была признана нереалистичной.
В то же время в ходе экспериментов с искусственными шаровыми молниями было обнаружено, что энергия, затраченная на создание плазмоида, в десятки раз меньше энергии, которая выделяется в форме тепла при его разрушении. Таким образом, через плазмоид открывается доступ к новым неизведанным высокоэнергетическим слоям структуризации материи.
В связи с этим существует надежда на создание при помощи излучения HAARP в атмосфере так называемых плазменных решеток, в которых будут разрушаться самолеты и ракеты. Фактически это противоракетное оружие, основанное на новых физических принципах.
По официальной версии, в настоящее время ведется поиск возможностей применения HAARP. Признается намерение использовать его для защиты при помощи возбуждения ионосферы систем связи и спутников от заряженных космических частиц и все тех же высотных ядерных взрывов.
