Ситуация, сложившаяся в Маньчжурии, становилась почти неконтролируемой. Некоторое число потрясенных поражением высокопоставленных офицеров боевых частей Императорской армии (включая командиров дивизий и их начальников штабов), узнав о капитуляции Японии, совершили ритуальное самоубийство. Другая часть офицеров, отказываясь сдаваться в руки советским войскам, просто исчезала, подобно одному из начальников штаба дивизии, полковнику, который 17 августа вместе со своей семьей ушел в подполье. Другие японские офицеры были убиты восставшими маньчжурскими войсками. Например, в Чанчуне 13 августа 1945 года шли стычки между японскими и маньчжурскими подразделениями. Столкновения продолжались до 19 августа 1945 года.
Но самой большой проблемой являлось продолжение сопротивления окруженных подразделений, которые еще не получили приказ о прекращении боевых действий, чьи командиры или ставили под сомнение подлинность заявления императора, или были полны решимости погибнуть в бою. Командование советских войск выражало недовольство тем, что 18 августа 1945 года на фронте у Хутоу вблизи реки Уссури на требование о безоговорочной капитуляции японцы ответили артиллерийским огнем. В результате советские войска были вынуждены открыть огонь и возобновить наступление. 18 августа 1945 года в Харбине во время переговоров командующего десантными силами советских войск с генералом Хата и его заместителями выяснилось, что «эти генералы были далеки от армии; они потеряли командование своими войсками и больше не могли оказывать влияние на действия своих разрозненных и неорганизованно отходящих частей и подразделений». Несмотря на совместные усилия Квантунской армии и командования советских войск призвать все японские подразделения к капитуляции, боевые действия по докладам продолжались в районе Хутоу, где только 22 августа 1945 года удалось уничтожить последние опорные пункты. В других районах сопротивление японцев продолжалось до 23–30 августа 1945 года. Командование советских войск было вынуждено отправить значительное количество подразделений для прочесывания горной и лесной местности, где многочисленные японские военнослужащие совершали набеги на штабы и подразделения тыла.
Беззащитные японские поселенцы находились в состоянии агонии. Местные жители, притесняемые в прошлом Квантунской армией, безжалостно убивали японских колонистов. Истощенные от голода, болезней, изможденные и отчаявшиеся убегающие колонисты и их семьи, еще не наложившие на себя руки, умирали в большом количестве, отчаянно пытаясь уйти от судьбы. По некоторым подсчетам, по меньшей мере 200 тысяч гражданского населения Японии так никогда и не добралось до своей родины.
