Получив разрешение императора на проведение переброски войск в соответствии с последним планом «на случай непредвиденных дополнительных обстоятельств», японский Генштаб издал приказ о приведении Квантунской армии в состояние боевой готовности. 1 июня 1945 года начальник Генерального штаба армии генерал Уметзу (Umezu) отправился в Сеул, а на следующий день — в Дайрен для подтверждения нового плана и издания приказа на ведение боевых действий. Командующим 17-й армии генерал-лейтенанту Ёшио Козуки (Kozuki), Квантунской армии полному генералу Отодзо Ямада (Yamada) и командиру Экспедиционной армии в Китае генералу Ясуджи Окамура (Okamura) Уметзу объяснил необходимость координации сил в Маньчжурии, Корее и Китае борьбой с вторжением советских войск, которые будут наносить удары с севера, и американским десантом, высадившимся на территории Северной Кореи, Тайваня и береговой части Китая. Для оказания поддержки в ведении обороны Окамура получил приказ о перемещении из Китая 4 дивизий, штаба армии и большого количества подразделений поддержки в состав Квантунской армии.
Изменение задач и включение в состав большого числа новых соединений вынудило Квантунскую армию внести изменения в порядок подчиненности между командирами, привести в порядок пограничные районы и по-новому развернуть войска. Цель проводимых мероприятий заключалась в изменении численности войск в южном направлении на всех участках, в центре Маньчжурии и, собственно, за районом полевых сооружений. Хотя штаб войск 1-го формируемого фронта был оставлен в Муданьцзяне на восточном участке, в начале войны были разработаны секретные планы по перемещению его в Тунхуа. Штаб 3-й армии был перемещен в южном направлении из Еххо в Енчи, штаб 1-й армии — из Дунаня в Еххо. Эти перемещения начались в конце апреля 1945 года.
В мае — июне 1945 года Квантунская армия ускорила процесс реструктуризации своих войск. Штаб 3-го зонального командования (3-й фронт), располагавшийся в Цицикаре, должны были переместить в южном направлении для замены командования Квантунской армии в Мукдене. Для ведения обороны в Северной Маньчжурии был восстановлен 3-й фронт, войска которого ранее подчинялись 4-й отдельной армии, передислоцированной из Суна в Цицикар. Командование Квантунской армии получило приказ оставить большую часть находящейся под ее контролем территории и сконцентрировать свои действия в западных и центральных провинциях Маньчжурии, включая территорию соседней Монгольской Народной Республики. 5 июня 1945 года командованием Квантунской армии после перемещения части своего штаба из Мукдена в Ляоян было создано отдельное новое боевое объединение — 44-я армия. Так как Квантунская армия и Японская армия в Корее нуждались в помощи, 17 июня 1945 года командир Экспедиционной армии в Китае Окамура отправил штаб 34-й армии в Хамхынг (Северная Корея) и подчинил его Квантунской армии.
