Параллельно Ю. М. изучал жизнь и творчество писателей и общественных деятелей начала XIX века, принадлежавших к следующим после Карамзина и Радищева преддекабристским поколениям: А. Ф. Мерзляков, В. Г. Анастасевич, Андрей Тургенев, Андрей Кайсаров, кн. П. А. Вяземский и др. В их мировоззрении исследователь прослеживал просветительские традиции XVIII века, раскрывал сложное, противоречивое соотношение дворянского и разночинно-демократического самосознания.
А параллельно с учительским институтом Ю. М. начал преподавание в Тартуском университете, сначала как почасовик, а в 1954 г. был приглашен на штатную должность доцента. Вся его последующая жизнь связана с этим учебным заведением. В 1963 г. он получил звание профессора; многие годы (с 1960 по 1977) был заведующим кафедрой русской литературы; впрочем, негласным ее руководителем он оставался до самой кончины, хотя соответствующие бдительные органы к 70-м гг. наконец раскусили, что Лотман вместе со всей кафедрой оказался не менее опасным для советской идеологии, чем «буржуазная» эстонская профессура, и кафедру постарались разогнать; в частности, Ю. М. был снят с заведования и переведен на отделение эстонской филологии, на кафедру теории литературы. К счастью, тем дело и кончилось, преподавал-то Лотман все равно на отделении русского языка и литературы.
В 1950—1960-х гг. ректором Тартуского университета был Ф. Д. Клемент, уникально сочетавший в себе советско-партийного функционера (член ЦК компартии Эстонии, депутат Верховного Совета СССР), искреннего марксиста и одновременно человека науки, чутко относившегося к молодым ученым. Благодаря ему кафедра русской литературы получала дополнительные штатные места, а с 1958 г. добилась права совместно с кафедрой русского языка ежегодно выпускать по одному тому новой серии «Ученых записок» — «Труды по русской и славянской филологии». Клемент пришелся не ко двору цинично-лицемерной правящей верхушке, и при наступлении брежневских заморозков его «съели», отправили на пенсию. Слава Богу, кафедра к тому времени достаточно укрепилась, и все последующие «разгоны», проработки, запрещения уже отпечатанных «Ученых записок» не смогли нравственно и идеологически сломить сотрудников.
В первых выпусках «Трудов по русской и славянской филологии», в ленинградских сборниках «XVIII век», во вступительных статьях и комментариях к книгам серии «Библиотека поэта» (однотомники А. Ф. Мерзлякова, «Поэты начала XIX века», позднее — Н. М. Карамзина, «Поэты 1790–1810 годов») и в других научных изданиях Ю. М. публикует ранние варианты или, наоборот, переработанные разделы докторской диссертации «Пути развития русской литературы пред декабристского периода», защищенной в Ленинградском университете в 1961 г.
