Гнейзенау участвовал в первом же бою этой кампании, под Заальфельдом. При отступлении, прикрывая батарею, батальон Гнейзенау сражался не по уставу — не в сомкнутом развернутом строю, а по-новому — весь рассыпанный в цепь против французских стрелков. Это свидетельствует, что поездка Гнейзенау в Америку не пропала даром, и он не только усвоил американские передовые взгляды на тактику пехотного боя, но и соответственно подготовил свой батальон, забежав совершенно самостоятельно далеко вперед устава.
В бою под Заальфельдом Гнейзенау был ранен и должен был сдать командование батальоном. Уехать для лечения в тыл ему не удалось — катастрофа застигла его раньше. Раненый Гнейзенау в день сражения под Йеной и при отступлении выполняет обязанности офицера генерального штаба при штабе армии.
В конечном счете посланный для связи из одной колонны в другую, он прибывает в то время, когда эта колонна уже сдалась французам. Возвращается обратно — там армия тоже сдается. Гнейзенау остается одиноким и без средств на территории, занятой французами. А вдали, в Восточной Пруссии, сопротивление при помощи союзников — русских войск — продолжается. Гнейзенау пытается пробраться в Кенигсберг через шведскую Померанию, но шведская пограничная охрана имеет приказание никого не пропускать. Узнав, что шведские пограничники арестовывают французских шпионов, Гнейзенау прибегает к последнему средству: он подходит к шведским пограничникам и так искусно выполняет роль французского шпиона, что шведы немедленно арестовывают его и доставляют своему высшему командованию. На допросе у шведского генерала Гнейзенау сознается, что сознательно обманул пограничников, и шведы дают ему возможность морем пробраться в Кенигсберг.
В Кенигсберге подвиги и приключения Гнейзенау были награждены чином майора, но он не понравился прусскому королю. В небольшом корпусе, уцелевшем из всей прусской армии, все вакансии оказались занятыми, и Гнейзенау был назначен командовать запасным батальоном. Его просьба — дать возможность сформировать партизанский отряд — была отклонена. Но судьба, систематически мешавшая Клаузевицу выделиться, избрала Гнейзенау своим баловнем.
Наиболее патриотичной в Пруссии была буржуазия небольшого города — крепости Кольберга, многократно выдержавшего в XVIII веке осаду шведов и русских. Сдача шести больших прусских крепостей их комендантами заставила вождей кольбергской буржуазии проявлять особую бдительность по отношению к своему коменданту, старому полковнику фон-Лукаду, не пользовавшемуся доверием. Когда же у коменданта крепости произошло столкновение с капитаном Шилем, организовавшим из Кодьберга партизанские действия на тылах французов, и комендант приказал арестовать Шиля, по городу разнеслась весть о том, что комендант подготовляет измену: начался бунт. Депутация горожан требовала у прусского короля дать им другого, надежного коменданта. Необходимость удовлетворить строптивых буржуа заставила короля обсудить этот вопрос со своими министрами. Бейме, один из влиятельных гражданских статс-секретарей, заявил, что встретил только что на лестнице незнакомого майора, который ему кажется очень подходящим для горячего поста коменданта Кольберга. Так состоялось назначение Гнейзенау.
