Вопросами геоморфологии занимались М.С. Калецкая, Е.М. Щербакова. Зоолог В.В. Дмитриев выполнил большую работу по изучению копытных животных заповедника.
Исследованием млекопитающих занимались П.Б. Юргенсон, Ф.Д. Шапошников, Г.Д. Дулькейт.
Свыше десяти лет возглавлял научный отдел заповедника Г.Д. Дулькейт, который изо дня в день вел подробную летопись природы заповедника. В 1949 году им был впервые описан неизвестный науке небольшой сижок, являющийся самым маленьким представителем сиговых рыб, обитающих в России. Сижок был назван «Сиг Правдина», в честь академика Правдина.
Несколько позднее сотрудники заповедника В.В. Криницкий, Л.П. Брысова, И.А. Короткое занимались изучением кедровых лесов. Геоботаник А.В. Куминова в течение нескольких лет проводила исследования флоры горного Алтая.
Многие годы кафедра ихтиологии и гидробиологии Томского университета проводила на Телецком озере и его притоках большую работу по изучению рыб. Возглавляли исследования Б.Г. Иоганзен, А.Н. Гундризер, С.Д. Титова и другие.
В течение нескольких лет работниками заповедника Ю.И. Запекина-Дулькейт и Г.Д. Дулькейт была подробно изучена донная фауна (зообентос) Камгинского залива и ее роль в питании рыб.
Заповедник сыграл огромную роль в восстановлении численности многих видов животных. Особо следует сказать о соболе, которого к 1930 году практически не стало. Благодаря охране животные размножились и уже десятки лет занимают всю таежную часть бассейна озера, являясь основным объектом промысловой охоты.
Но случилось непредвиденное. В 1951 году постановлением совета Министров Алтайский заповедник был ликвидирован. Это был страшный удар, нанесенный природе. Этим постановлением было ликвидировано в СССР сто заповедников из 128. Как могло такое случиться? Так необдуманно, не заглядывая вперед, могли поступить, мягко говоря, малограмотные люди.
В 1958 году по настоянию ученого мира заповедник восстановили, но его площадь была сокращена. Верховья Б. Абакана остались за пределами заповедника.
А в 1961 году, как гром среди ясного неба, после заявления Н.С. Хрущева, когда он сказал, - «заповедники, по-моему, это надуманное дело», заповедник, решением Алтайского Крайисполкома моментально ликвидировали, и опять получилось - «что хочу, то и ворочу». И вновь ученый мир встал на дыбы и добился, наконец, разумного решения. Заповедник в 1968 году восстановили. Но теперь, будем надеяться, навсегда.
Ликвидацией заповедника не замедлили воспользоваться лесопромышленники и в эти промежутки вседозволенности вырубили кедровники на бывшей его территории по реке Ойор на огромной площади, где было одно из крупных стойбищ копытных в зимнее время.
