Подробную и разностороннюю работу по исследованию Телецкого озера выполнила С.Г. Лепнева в 1928-1931 годах по заданию Государственного гидрологического института. Ею собран богатейший материал по природе озера и выполнены широкие лимнологические исследования. С.Г. Лепнева в научных кругах считалась лучшим знатоком этого своеобразного водоема.
Примерно в эти же годы О.А. Алекиным была изучена гидрохимия Телецкого озера и озер Прителецкого района.
Важнейшим событием явилось создание на Телецком озере крупнейшего в стране Алтайского государственного заповедника, который охватил значительную часть бассейна Телецкого озера и верховья реки Большой Абакан.
Этому предшествовала большая работа организованного в 1918 году Отдела охраны природы Главнауки Наркомпроса РСФСР. Инициатором создания этого отдела и первым его руководителем был талантливый ученый, путешественник Франц Францевич Шиллингер. Он же являлся главным организатором Центрального управления по делам охоты при Наркомземе и Всероссийского общества охраны природы. Работая в сибирских экспедициях, Шиллингер путешествует по Саянам, Алтаю, Прибайкалью, непосредственно руководит экспедициями по проектированию Алтайского и других заповедников. Именно Шиллингер составляет проект создания заповедника на Телецком озере.
В 1929 году комплексная экспедиция отдела охраны природы при Главнауке, под руководством профессора ботаники В.И. Баранова путешествуя по Алтаю и Западному Саяну, практически охватила всю будущую территорию заповедника.
По окончании работы В.И. Баранов представил главному управлению по заповедникам справку с соображениями по территориальному вопросу организации заповедника, поддержав, таким образом, проект Шиллингера. Экспедицию в качестве проводника вел широко известный в охотничьих кругах, опытный таежник Д.М. Молоков, впоследствии, начиная с 1932 года и по год ликвидации в 1951 году, работал в заповеднике в должности старшего наблюдателя.
Заповедник был организован постановлением ВЦИК и Совнаркома РСФСР от 4 мая 1930 года. Местные органы - Ойротский и Хакасский облисполкомы в декабре 1931 года специальными постановлениями признали целесообразным открытие заповедника.
Первоначально территория занимала свыше 1 млн. гектаров, сейчас 864 тыс. гектаров (охватывает правобережье озера и правобережье реки Чулышман, включая уникальное высокогорное озеро Джулуколь).
Цели и задачи Алтайского госзаповедника были определены специальным положением. Вот как говорилось в положении: «Алтайский государственный заповедник учреждается в целях сохранения, восстановления и обогащения генетических фондов ценных охотопромысловых животных Алтая: соболя, колонка, белки, марала, лося, косули, кабарги, северного оленя, алтайской горной индейки и др., и сохранения характерных участков горного Алтая, водного режима, растительности».
