Непосредственно в распоряжении Главного штаба ВМС находилась 19 мтад, командования ВВС ВМС – 65-й тап на аэродроме Измайлово в Москве (впоследствии на месте ликвидированного аэродрома построили Щелковский универмаг); 39-я авиационная эскадрилья ночных бомбардировщиков на самолётах «Бостон» в Сарабузе (Крым), 11-е авиационное звено при училище ПВО в Таганроге, 20-е учебно-артиллерийское авиационное звено при училище береговой обороны ВМС в Риге.
Управлению инженерно-авиационной службы ВВС ВМС подчинялся находившийся в Риге Лётно-испытательный институт ВВС ВМФ, преобразованный в 1 947 г. в Научно-испытательный институт №15 ВМФ ( НИИ №-15 ВМФ), и 33-й отдельный авиатехнический батальон.
В боевом составе ВВС флотов и Сахалинской флотилии числилось 10 полков штурмовой авиации. Почти сразу после войны началось их сокращение. Они родились в огне войны и после её окончания оказались ненужными. Не миновала такой же участи и разведывательная авиация, нельзя же было всерьёз считать МБР-2 самолётом-разведчиком.
Тихоокеанский флот в январе 1947 г. разделили на две неравные части и назвали их 5-м и 7-м Военно-морскими флотами. Командующим ВВС 5-го ВМФ остался генерал-лейтенант авиации Е.Н. Преображенский, командующим ВВС 7-го ВМФ назначили генерал-май- ора авиации И.Т. Шарапова, до этого исполнявшего должность начальника Военно-морского авиационного училища в Николаеве. Таким образом, количество флотов, а следовательно и ВВС флотов, увеличилось до шести.
Военно-воздушные силы Днепровской военной флотилии (эскадрилья связи, место базирования Фюрстенберг); ВВС Дунайской флотилии (отдельный авиационный отряд, Будапешт) расформировали в 1947 г. На ВВС эти мелкие подразделения явно не тянули, так как состояли из самолётов По-2 и Ут-2, использовались для связи, и с их сокраще- нием боевые возможности морской авиации не пострадали.
В 1948 г. прекратили существование ВВС Каспийской военной флотилии (79-я отдельная ближнеразведывательная эскадрилья на МБР-2 в Баку и 19-й авиаотряд); авиация Кольского, Беломорского, Владивостокского, Южного морских районов. Авиация Порт-Артурской ВМБ продержалась до 1954 г., а затем её части пополнили ВВС 5-го флота и СФ.
После войны приступили к строительству и восстановлению служебного и жилого фонда, обживались новые места базирования. Подобная участь миновала ВВС 5-го ВМФ, который мест базирования не менял, сложнее было с ВВС 7-го флота и авиацией Западных флотов, которые осваивали новые места базирования.
