Однако в 1986–1987 гг. сложилось качественно новое соотношение: расходы бюджета стали увеличиваться существенно быстрее, чем абсолютный прирост национального дохода страны, а расходы на производственную сферу начали резко обгонять доходы бюджета, получаемые в этой сфере. На основе проведенного анализа коллектив института и его директор предложили разработать
программу финансового оздоровления народного хозяйства, целью которой являлось сокращение бюджетного дефицита, нормализация денежного обращения и стабилизация потребительского рынка. Главный же вывод заключался в том, что
причиной нарастания негативных процессов являлась медлительность и половинчатость в осуществлении экономической реформы, отсутствие четкой, просчитанной программы действий.
Подводя итог обсуждения, Н.И. Рыжков приветствовал сделанный институтом доклад и дал положительную оценку его работы. 7 января 1989 г. Л.И. Абалкин был приглашен на встречу к Генеральному секретарю ЦК КПСС. Таким образом, был прерван период охлаждения отношений к институту и его директору со стороны высшего руководства страны, который продолжался после памятного выступления Л.И. Абалкина на партийной конференции. Выводы, сделанные в докладе, были приняты. Институт стал интеллектуальным центром и главной научной базой экономических реформ.
Весной 1989 г. Л.И. Абалкин был избран народным депутатом СССР. Однако вскоре ему пришлось сложить с себя полномочия депутата. В середине мая 1989 г. он получил предложение Председателя Совета Министров СССР Н.И. Рыжкова стать его заместителем и возглавить комиссию по экономической реформе. Л.И. Абалкин дал свое согласие, в полной мере отдавая себе отчет в том, какую ответственность он принимает на себя в условиях, когда не существует секрета быстрого и немедленного оздоровления экономики страны.
При обсуждении своей кандидатуры на заседании Верховного Совета, Л.И. Абалкин взял на вооружение и последовательно отстаивал тезис о том, что ключ к выходу из кризиса и структурной перестройки народного хозяйства заключается в радикальном обновлении экономических отношений, предоставлении всем хозяйственным структурам необходимой свободы. При этом свобода хозяйствования должна трансформироваться в дополнительные финансовые ресурсы, стать источником общественного богатства. При этом он подчеркнул, что на остановку нарастания негативных процессов и оздоровление экономики правительству должно быть отведено
