Цветки колесовидной формы, одиночные, парные или собраны пучками, пятичленные, реже семичленные, венчик белый, желтый, фиолетовый или белый с фиолетовыми пятнами. Формируются по 1 на каждой боковой ветви (у некоторых разновидностей по 2 и более) и, как правило, располагаются у основания развилок ветвящихся побегов. На вершине главной оси (первое разветвление) иногда образуется 2 и более цветка, появляющихся не одновременно. Количество цветков не одинаково по различным ярусам разветвлений. От первого до четвертого разветвления число цветков увеличивается в 4 раза, а на ветвях более высоких порядков остается практически неизменным. За весь период вегетации на одном растении образуется от 30 до 100 цветков, а у некоторых сортов — и более 100. Для мелкоплодных сортов и сильно ветвящихся форм характерно наличие большого числа цветков. Завязь верхняя, 2-4-гнездная, форма ее может быть близка к округлой, что характерно для сортов, имеющих широкие или конусовидные плоды, или же конусовидной (призмовидной) — у сортов с удлиненными плодами.
Цветение у перца ремонтантное, т. е. непрерывно продолжается до заморозков. При образовании плодов появление новых цветков замедляется, после снятия плодов вновь усиливается; поэтому важно систематически убирать плоды, достигшие технической спелости. На растениях перца, достигших плодоношения, в течение дня может появляться от 2 до 4, реже 5 цветков. Цветки открываются преимущественно в первую половину дня при ясной солнечной погоде и практически в течение всего дня, когда облачно и пасмурно. Общая продолжительность жизни одного цветка (от раскрытия до увядания лепестков) у перца в естественных условиях составляет 1–2 суток. Завязывается до 44 % раскрывшихся цветков.
Перец является факультативным самоопылителем, т. е. растениям присущи признаки, характеризующие их приспособленность и к самоопылению, и к перекрестному опылению. Перекрестное опыление составляет 20–25 %. Возможность перекрестного опыления перца объясняется неодновременностью созревания пыльцы и готовности рылец к ее восприятию. Рыльце начинает воспринимать пыльцу с последующим оплодотворением яйцеклеток за 1–2 дня до раскрытия цветка, а пыльца созревает только в день расхождения лепестков венчика. Пыльца перца тяжелая, липкая и переносится ветром обычно не далее 1 м. Фертильность пыльцы перца в значительной мере изменяется в зависимости от внешних условий. При повышенной атмосферной влажности появляется много нежизнеспособных пыльцевых зерен (при перенасыщении пыльцы водой может произойти разрыв оболочки, ведущий к гибели пыльцевых зерен); условия воздушной засухи, напротив, способствуют лучшему сохранению качеств пыльцы. Неблагоприятна и чрезмерно высокая температура (35–40 °C), нередко вызывающая абортивность пыльцевых зерен. Наибольшая активность к оплодотворению проявляется у свежей пыльцы в день раскрытия цветка и в первые сутки ее хранения. Продолжительность времени от попадания пыльцы на рыльце до оплодотворения у перца составляет от 36 до 60 ч. Активность прорастания пыльцы и роста пыльцевых трубок в значительной мере зависит от внешних условий. При температуре ниже 15 °С пыльцевые трубки обычно не достигают зародышевого мешка.
