Главный стебель заканчивается генеративной точкой, а в пазухах верхних 2, а иногда и 3 листьев начинают развиваться короткие побеги второго порядка, образуя вилкообразное разветвление. В свою очередь каждый из этих побегов заканчивается бутоном, а из пазух имеющихся 2 (очень редко 3) листьев супротивно вырастают побеги третьего порядка. Такое четко выраженное ветвление наблюдается до осей четвертого и даже пятого порядков, если условия для растения будут благоприятны. В дальнейшем развитие получает 1 из 2 побегов на каждой ветви. Главный стебель у многих сортов перца разветвляется у основания, образуя пасынки. Число последних зависит от особенностей сорта и внешних условий. Пасынки разветвляются аналогично главному стеблю. Цветки и плоды образуются в местах разветвления стебля, поэтому чем лучше условия для развития растений, тем лучше они будут ветвиться и тем выше продуктивность.
В зависимости от особенностей ветвления стебля у перца выделяют 3 формы куста: штамбовые растения (одностебельные, ветвящиеся только у вершины главного стебля), полуштамбовые (имеют в нижней части главного стебля 1–3 коротких побега), кустистые (главный стебель ветвится от самого основания, и боковые побеги по длине больше половины высоты куста).
Прищипка главного стебля над пятым-восьмым листом (перед бутонизацией) устраняет апикальное доминирование, активизирует рост боковых побегов, на которых образуется много дружно созревающих плодов, а урожай их повышается на 30 %. При этом количество зрелых плодов при первой одновременной уборке увеличивается в 2 раза и достигает 70 % от общего урожая. Кроме того, раскидистый куст притеняет почву и нижние части стебля, что ослабляет перегрев их и снижает увядание растений.
Форма, размер и число листьев на растении перца значительно изменяются в зависимости от возраста и условий выращивания. В теплицах длина листовой пластинки перца 15–18 см, в то время как при выращивании тех же сортов в открытом грунте — до 10 см. Листья простые, цельнокрайние и черешковые. Расположение на побеге очередное, иногда встречается мутовчатое и супротивное. Преобладающие формы листовой пластинки — яйцевидная (различных модификаций) и ланцетовидная. Встречаются также переходные между ними типы. К фазе плодообразования и созревания плодов листовая пластинка молодых листьев становится уже, приобретая более удлиненную форму. Форма верхушки листовой пластинки заостренная, но в зависимости от сорта может иметь округленную, острую (узкоострую или тупоострую) или изогнутую вершину. Окраска листьев варьирует от светло- до темно-зеленой. Черешок листа у перца хорошо развит. В период плодоношения и к концу вегетации появляются листья с наиболее короткими черешками. Число листьев и общая листовая поверхность значительно изменяются в зависимости от сорта и условий выращивания. На одном растении перца в зависимости от сорта может образоваться до 230–300 шт. листьев, размер которых определяется условиями увлажнения и обеспеченности почвы элементами питания. Общая масса листьев составляет примерно 1/4 от общей массы растения. Семядольные листья сохраняются более 2 месяцев и выполняют очень важную роль в ростовых процессах. Удаление их через 2–3 дня после всходов заметно замедляет рост молодого растения.
