Третий двор – не более чем открытая площадка (D), он ведет в один из пилонов Хоремхеба (пилон IX). Пилон построен с использованием материалов храма, в свое время возведенного Эхнатоном и посвященного почитаемому им богу. Никакое деяние не могло быть столь дерзким и оскорбительным, как то, что Эхнатон построил храм божеству, состоявшему в смертельной вражде с верховным богом Фив, и практически в пределах храма последнего. Хоремхеб выразил свое отношение к подобному беззаконию тем, что «сбил всю резьбу топорами и молотами», использовав затем камни при строительстве двух пилонов. Он явно желал стереть всякую память о святотатстве еретика, похоронив и забыв и самого «нечестивого Эхнатона».
IX и X пилоны принадлежат Хоремхебу, а между ними находится огромный двор, не совсем правильный по форме, так как восточная сторона заметно длиннее, чем западная (Е). Двор представляет собой всего лишь огражденную стеной площадку без колоннады; Хоремхеб украсил стены рельефами с собственными изображениями. Он проводит пленников перед лицом фиванской триады, показывая этим, что, являясь великим завоевателем, он, одновременно, и щедрый благодетель храма. На восточной стороне двора находится храм Аменхотепа II (М), в который можно подняться по пандусу. Планом храм напоминает праздничный зал его отца Тутмоса III, так как вход расположен сбоку, а святая святых под прямым углом к входу. Фасад украшают двенадцать квадратных колонн по шесть с обеих сторон от гранитных дверей; двери ведут прямо в гипостильный зал, в котором находились двадцать четыре квадратные колонны, установленные в два ряда по обеим сторонам, так что посреди зала оставался широкий проход (илл. XVII, 1). Небольшой зал с колоннадой, или святая святых Амона, находится на севере; большая часть этого святилища сохранилась, в том числе большая часть кровли. Аналогичное святилище, правда менее сохранившееся, находится в южном конце зала. Видимо, соответствующий храм находился с западной стороны двора, однако он давно исчез.
X пилон (часто называемый пилоном Хоремхеба, хотя IX пилон тоже принадлежит ему) – последний на дороге, по которой шли процессии, по этой причине для многих поколений он был входом на территорию храма Амона с другой стороны. С обеих сторон возвышается кирпичная стена, достигающая почти той же высоты, что и каменная кладка пилона, но большая ее часть разрушена. Когда Служба древностей производила реставрацию пилона, оказалось, что пилон почти целиком построен из камней, взятых из храма Эхнатона; многие блоки сохранили надписи и картуши Эхнатона, относящиеся как ко времени до, так и ко времени после изменения им имени, иными словами, до и после его обращения в атонизм. На некоторых из скульптур сохранились следы краски. Во дворе, напротив северного фасада пилона, находится знаменитая стела, где запечатлен рассказ о работе Хоремхеба по восстановлению порядка после хаоса предыдущей эпохи. От пилона до главного портала храма Мут ведет аллея сфинксов.
