Именно здесь храм сильно пострадал от времени, разграблений и прежде всего от воздействия ежегодного разлива. Из ворот пилона Тутмоса I (пилон IV, J), теперь совсем разрушенного, открывается небольшой гипостильный зал (L), когда-то имевший крышу и украшенный осирическими статуями Тутмоса I. Хатшепсут, видимо, приказала снять крышу, чтобы установить свои обелиски; возможно, что следующий пилон (пилон V) на самом деле принадлежит ей, хотя на него претендовал Тутмос III. Между шестым пилоном и святая святых находятся две небольшие камеры, которые датируются царствованием Тутмоса III; молельни и камеры, окружающие святая святых, также принадлежат ему. Ныне существующее святилище, гранитное, принадлежит греческому периоду и представляет интерес тем, что относится к правлению Филиппа Арридея, слабоумного брата Александра Македонского, царствовавшего всего шесть лет.
На юге от центрального двора расположена группа строений, составляющая большой путь, по которому к храму богини Мут двигались процессии; эти строения включают четыре двора и четыре пилона (план, илл. XVIII, 2).
Из центрального двора через небольшую дверь можно попасть в другой двор (В), интересный только тем, что там находится надпись, принадлежащая Мернептаху, который перечисляет свои победы над врагами Египта, среди которых упоминаются этруски и ахейцы. Двор расположен на том месте, где когда-то находились два святилища, одно Среднего царства, другое времени Аменхотепа I. На юге от этого двора Тутмос III возвел пилон (пилон VII), возможно являвшийся входом в храм его деда, и высек на нем текст летописи своих военных походов. За пилоном открывается еще один двор (С), по бокам от входа со стороны обоих дворов установлены статуи, в основном Тутмоса III. Сломанный обелиск того же властителя стоит у входа в южный двор, а так как обелиском всегда отмечался вход, это является доказательством того, что пилон во времена Тутмоса был главным входом для всех приходящих из храма Мут. Небольшая молельня Тутмоса III находится в восточной части двора.
На южной стороне второго двора находится пилон Хатшепсут (пилон VIII). Здесь, как и везде в Карнаке, имена царицы сбиты, а поверх них вырезаны имена либо Тутмоса II, либо Сети I. Барельефы на северной стороне имеют исключительно религиозный характер; южный фасад, очевидно, оставался пустым до времени Аменхотепа II, который счел его подходящим местом для того, чтобы поместить там свое изображение: здесь фараон убивает своих плененных врагов. Вероятно, эта сцена является иллюстрацией события, запечатленного в храме Амады. По обе стороны от двери с южной стороны стояли царские статуи.
