Подробности раздела и гибели торговых, управляемых оракулами городов ионических греков принадлежат, по существу, греческой истории; для персов они изначально были второстепенной пограничной проблемой. Разумеется, в греческих городах имелись группы, видевшие в подчинении Персии продолжение торговой выгоды, которую они извлекали от принадлежности к Лидийской империи. Один за другим они или подчинялись, или тщетно пытались разработать планы перенесения своих поселений на западное побережье Средиземного моря. Местные ликийцы, остатки «морских рейдеров», которые в конце 2-го тысячелетия успешно беспокоили Хеттскую империю, а теперь стали в значительной степени аграрным народом, заперлись в своем городе Ксанфе и стояли насмерть. Ликия, Лидия и Иония превратились в отдельные провинции.
Набонид заключил с Крезом союз против персов, и поэтому для действий против него появились более убедительные основания. Постепенно персы свели на нет территорию Вавилонии, но не нападали на самого Набонида. Его город и так из-за процесса внутреннего распада и мятежа эламских подданных Вавилонии в Сузах пришел в полный упадок. От Вавилона больше не исходила угроза. Летом 546 г. правитель Суз Габару, известный грекам как Гобрий, присоединился к Киру.
Должно было пройти шесть лет, прежде чем Набонид подчинился полностью. Тем временем покорились племена, проживавшие на севере центрального Иранского нагорья и на юго-восточном берегу Каспийского моря, в районе, известном как Баркана (для греков Гиркания). Южнее лежала более могущественная Парфия, чей царь вынужден был принять сатрапию. Вероятно, именно в это время Кир вторгся на исконно арийские земли Маргианы, Согдианы и Хорезмии вплоть до реки Яксарт (Сырдарьи) и за ней напал на массагетов, хотя совершенно неясно, действительно ли проходила эта восточная кампания до покорения Вавилона, как рассказывает Геродот. В конце концов, в октябре 539 г. Набонид, обеспокоенный возникшим дома противодействием его религиозной политике, недовольством иностранных пленных и столичных дельцов, без борьбы открыл ворота Вавилона перед персидской армией.
Завоевание Вавилонии привело персов непосредственно в среду библейской истории. В самом Вавилоне, в Тель-Абибе на реке Кабар, где жил Иезекииль, и в Ниппуре, юго-восточнее Вавилона, находились колонии изгнанников, о чем имеются библейские или (как в случае Ниппура) археологические свидетельства. Для этих людей завоевание Вавилонии Киром стало освобождением. Его провозгласили слугой Яхве, помазанником Израилевым, и восхваления, которыми он был осыпан во второй книге Исайи, заставили многих поверить в вероятность существования в Вавилоне проперсидского заговора евреев. Первым персидским правителем города назначили Гобрия.
