В 1215 г. состоялся IV Латеранский собор, на котором наряду с западными епископами присутствовали епископы титулярных восточных кафедр (латинские епископы, уже назначенные на восточные кафедры). Цель собор указал: окончательное покорение Востока. Но в 1216 г. умер Иннокентий III, и покорения не получилось.
Сам Иннокентий III написал ряд богословских трактатов, в которых не проявил себя оригинальным — продолжал развивать системы папской теократии.
Более интересна его каноническая деятельность. Начиная с Иннокентия III соборные постановления, в принятии которых участвовал папа, делаются от его имени, а епископы лишь подписывались с грифом «одобряем».
Особое право получает папа при Иннокентии III в примате юрисдикции, то есть прямой непосредственной власти над епископами и и вообще всеми верующими. Папе усваивается право всеобщего отпущения, состоящее не только в прощении вины за нарушение закона, но и в отмене самого закона и освобождении от клятвы. Папа получает право непосредственного распоряжения всеми церковными бенифициями (доходами).
Иннокентий III отрицает всякую самость государств, и единственным законным порядком в мире может быть только теократия. «Государство получает свое существование только от Церкви, подобно тому, как луна отражает солнечный свет».
Духовное, политическое и финансовое могущество папства достигает при Иннокентии III своего апогея, но оно же послужило и основанием к непосредственной реакции европейских государств против папской власти.
Три последующих папы после Иннокентия III — Гонорий III, Григорий IX и Иннокентий IV — были продолжателями дела Иннокентия III. Главной заботой папского престола в первой половине XIII в. была борьба с немецким императором Фридрихом II. Этот последний император из династии Гогенштауфенов вел борьбу с папами за полную независимость своей империи в течение 30 лет. Папы не были разборчивы в методах борьбы. Если раньше появлялись антипапы, то теперь — антиимператоры, ставленники пап. Наиболее известный из них Генрих Распэ, прозванный «поповским королем».
Не примирило пап с Фридрихом даже и то, что он был организатором 6-го крестового похода, в котором одержал значительные победы (на некоторое время даже взял Иерусалим). Ибо во время отвоевания Иерусалима Фридрих был отлучен папой (парадокс: победа над мусульманами и отлучение).
В итоге борьбы папы одержали победу. 13 декабря 1250 г. император умер, его сын Конрадин через несколько лет был обезглавлен во внутренней войне. Папа Иннокентий IV ликовал о прекращении династии: «Молнии и бури над нами, наконец, исчезли». Новая династия Габсбургов не конфликтовала с папами. При ней в Германской империи лишь титул «император» напоминал о былом величии. Но победа папы была ненадолго.
