В Германии Иннокентий использовал династическую междоусобицу. Он, как третейский судья, всегда поддерживал слабейшего. Во Франции, Испании и других княжествах Иннокентий III вмешивался в бракоразводные дела монархов, накладывал интердикты, чем поднимал свой нравственный авторитет, который служил основой для дальнейшего вмешательства в дела этих государств. (Например, интердикт на французского короля Филиппа Августа, который должен был вернуть из ссылки свою жену).
В Англии после 6-ти лет борьбы с королем Иоанном Безземельным по поводу замещения кафедры архиепископа Кентерберийского папа добился своих ленных (феодальных) прав. По англо-норманской системе избрание епископов было во власти короля во всех пределах королевства. Иннокентий III под угрозой крестового похода со стороны Филиппа Августа (который искал случай повоевать) заставил Иоанна Безземельного отречься от короны Англии и Ирландии в пользу кафедры Апостола Петра. Король получил корону из рук папы, как подчиненный ему феодал.
Против этого подчинения выступили английские бароны со знаменитой хартией вольности 1213 г., которая лишала короля реальной власти над страной (король был именован влиятельным феодалом среди прочих английских баронов). Иоанн вынужден был подписать хартию. Принципы хартии оказали влияние на всю дальнейшую жизнь Европы:
— живу, где хочу;
— уверен в том, что имею (неотъемлимость частной собственности);
— подчиняюсь только закону.
В ряде стран Иннокентий III добился также усиления влияния Римской кафедры и прямого назначения туда епископов с правом инвеституры: в Венгрии, Кастилии, Испании, Португалии, Шотландии, Скандинавии, Польше, Болгарии (через унию).
С предложением военной помощи Иннокентий III обращался и к князю Роману Данииловичу Галицкому на Руси.
При Иннокентии III состоялся 4-й крестовый поход (1203–1204 гг.), после которого разграблен Константинополь и установлена Латинская империя на Востоке. Сам папа осуждал крестоносцев, что не дошли до Святой Земли и что разграбили Константинополь, но воспользовался результатами похода для латинизации Востока. Назначен был латинский Константинопольский патриарх (об унии даже папа не помышлял). Православные сосредоточились в Никейской империи и Эпирском княжестве.
При Иннокентии III было подавлено на юге Франции движение альбигойцев или катаров. Это дуалистическая манихейская секта, родственная павликианам и богомолам («альбое» — белый, чистый). Это тайное сообщество отвергало учение Церкви о таинствах, иерархии. В ней скрывалось и поклонение злу. Катары организовались в военную силу и завоевали часть замков. Иннокентий III организовал крестовый поход, и для борьбы с альбигойцами была учреждена инквизиция.
