В течение 11 и 12 июля частями 72-го стрелкового и 3-го гвардейского механизированного корпусов мейшагольская группировка была разбита и отброшена на северо-запад. Войска правого фланга 5-й армии заняли Мейшагола и вышли на рубеж северо-западнее Мейшагола, Евье. Одновременно 45-й стрелковый корпус, наступавший юго-западнее Вильнюса, своим левым флангом достиг Сумелишки, Высокий Двор.
Тем временем борьба в самом Вильнюсе продолжалась. Части 65-го стрелкового корпуса, блокируя и уничтожая вражеские очаги сопротивления, продвигались к центральной части города. Советская авиация, поддерживая действия наземных частей, подвергала сокрушительным ударам вражеский гарнизон. За 12 июля бомбардировщики 1-й воздушной армии сделали 370 самолето-вылетов, сбросив только на основной очаг сопротивления противника в районе тюрьмы около 90 тонн авиабомб. Используя удары авиации, наши части к утру 13 июля заняли центральную часть города и разъединили немецкий гарнизон на две основные группы. Первая продолжала оказывать сопротивление в районе Лукишки, имея главный опорный пункт в тюрьме, вторая оборонялась в районе обсерватории.
Утром 13 июня противник тремя группами общей численностью до 1000 человек пытался прорваться по северному берегу реки Вилия в северо-западном направлении, но наткнулся на части 45-го стрелкового корпуса и был почти полностью уничтожен. В середине дня был предпринят решительный штурм последних очагов сопротивления, и к 17 часам город был полностью очищен от вражеских групп.
В тот же день противник предпринял еще одну попытку оказать помощь своему вильнюсскому гарнизону. Сосредоточив на узком участке до 40 танков и 100 автомашин с мотопехотой из состава 6-й танковой, 221-й охранной дивизий, 16-го полицейского, 5-го и 6-го авиадесантных полков, немцы перешли в наступление в районе северо-западнее Евье. Воспользовавшись разрывом между передовыми частями 72-го и 45-го стрелковых корпусов, выдвигавшимися на фронт Жосли, Егеляны, Ужугость, противник захватил Евье и частью сил прорвался на Рыконты. Для ликвидации прорвавшейся группировки был выдвинут в район Рыконты 29-й танковый корпус 5-й гвардейской танковой армии. 72-й стрелковый корпус своим левым флангом занял рубеж по южному берегу реки Вилия фронтом на юг и юго-запад. В то же время правофланговые части 45-го стрелкового корпуса выдвинулись на участок южнее Рыконты фронтом на север. 14 июля группировка противника была охвачена в районе Рыконты и уничтожена.
