Командование легионов вскоре начало подозревать Кратохвила в большевизме. За ним установили слежку, на него писали доносы, его обвинили в связи с «подрывными элементами» и в том, что он поддерживал большевиков. После конфликта с генералом Сыровы его даже арестовали, а затем под предлогом душевной болезни сняли с командирской должности. Это было в Иркутске. Кратохвил принялся тогда писать статьи и очерки [14], читать лекции, учиться. Затем он проделал вместе с легионами весь путь через Сибирь во Владивосток и далее через Америку и Триест на родину. В ту пору он расстался еще не со всеми иллюзиями; однако, став свидетелем поспешной и растерянной встречи «освободителей» на вокзале, еще более поспешного роспуска легионов, когда «государственный гимн заглушал революционные мелодии, в чем отразился исконный смысл государственности», увидев, в каком направлении идет развитие дел в первые годы республики, он очень быстро утратил последние остатки иллюзий. Он понял, что первоначальные революционные идеи легионов были превращены в идеи консервативные, что «борцов за дальнейший прогресс, батальоны грядущих революций разбудит новая идея», но что «на их знаменах легионерство написано не будет» [15].
В первые годы после образования самостоятельной Чехословацкой республики Кратохвил снова искал путей разрешения раздирающих его противоречий и разочарований. Он стал усердно посещать Социалистическое общество, основанное профессором Зденеком Неедлы; это общество регулярно устраивало в одном из пражских кафе дискуссии и доклады о социализме. Кратохвил следил за журналами «Вар» Неедлы, «Червен» и «Кмен» Неймана, был одним из инициаторов основания Общества культурного и экономического сотрудничества с новой Россией.
В эти годы он вновь и вновь задумывается над парадоксом, непосредственным образом затронувшим и лично его: над тем, что революционный патриотизм чешских легионов был «невольно глубоко проникнут идеями русской большевистской революции»; даже в ту пору, когда происходило роковое столкновение легионов с этой революцией, шла борьба, бывшая, «конечно, исторически неизбежной ошибкой и заблуждением… и страшнейшей угрозой всей мировой революции в самой ее основе». Тогда Кратохвил понял, что столкновения в Сибири были «наступлением старого мира, уцелевшего после войны, то есть наступлением международной реакции на мировую революцию, на ее очаг в Москве, на молодой, более свободный мир… Каким фатальным недоразумением был поход чехословаков, несших знамя тупой военной диктатуры на революционных штыках!..» И Кратохвил приходит к ясному убеждению, что именно тогда «мировую революцию и революцию нашу еще раз спас русский революционный очаг — и не столько силой оружия, сколько силой идейного воздействия на чехословацкие легионы. Именно тогда, когда мы вели жесточайшие схватки с революцией, она оставила в наших душах наиболее глубокий след. И след этот… заложивший основу нашего государства-юбиляра, является вместе с тем ценнейшим заветом для его будущего»
