Совет представлял собой гражданское правительство, дела же военные относились к отдельному ведомству. Они находились в ведении военачальника, накома, избираемого или назначаемого (скорее всего, последнее) на трехлетний срок. Существовал также наком, под чьим руководством совершались жертвоприношения. Этот человек, так же как и у ацтеков, разрезал грудь жертвы и вырывал сердце. Вполне вероятно, что одно и то же название употреблялось для исполняющих различные обязанности людей, но также возможно и то, что одно и то же лицо совмещало две эти должности.
Существует некоторая путаница относительно армии майя, которой командовал наком. Как уже упоминалось, демонстрируемая на поле боя дисциплина указывает на то, что армия представляла собой хорошо вымуштрованную силу. По всей видимости, воинов тренировали и натаскивали, но регулярной армии не существовало. Кроме участия в проводимых военных кампаниях, солдаты все остальное время находились дома и работали в своих хозяйствах. Лишь находясь на военной службе, они получали плату за выполнение своих обязанностей. Считается, что каждый здоровый мужчина подлежал призыву на военную службу, но существуют упоминания о солдатах, как о людях, пользовавшихся особым уважением. По всей видимости, существовало нечто вроде формируемого на добровольной основе или путем призыва местного ополчения под командованием офицера, известного как ал холпоп. В случае необходимости ал холпоп и его подчиненные поступали в распоряжение накома. Также, по всей видимости, в более поздние периоды существовали находящиеся под командованием постоянных командиров отряды наемников, носивших название «холканы».
Большинство городов майя классического периода не были защищены крепостными стенами и рвами, и данный факт указывает на то, что войны тогда случались редко. Сражения, подобные тем, что изображены на фресках, скорее всего, представляли собой набеги, а не крупномасштабные войны. В более поздние периоды положение ухудшилось, и враждующие между собой города-государства, на которые распался Юкатан после падения Майяпана, вели непрекращающиеся войны. По словам одного из испанских летописцев: «Им был неведом мир, в особенности тогда, когда сбор урожая был закончен».
Но до прихода испанских завоевателей войны были весьма ограниченными по продолжительности явлениями. Сражения всегда заканчивались с наступлением темноты, когда сражавшиеся отправлялись на ужин, приготовленный сопровождавшими их женщинами. Также военные действия никогда не велись вдали от дома, так как не только женщинам и рабам приходилось переносить на своих спинах припасы для армии, но и каждый воин должен был быть готов собраться и отправиться домой, когда его присутствие требовалось в хозяйстве. В войнах против испанцев подобный способ ведения боевых действий делал майя слабыми противниками: они представляли собой ополчение крестьян, для которых основным занятием была работа на земле, а им противостояла хорошо организованная профессиональная армия. В IX и X веках тот же самый фактор препятствовал успешной борьбе народов Западной Европы в войнах с викингами.
