Одновременно и отношение к главе спецслужб Омару Сулейману было негативным не только у Братьев, но и у армии. Позиция Братьев понятна: именно спецслужбы повинны в жестких репрессиях в отношении членов Движения. Чистки велись и в армейской среде. Причем речь шла не только об обнаружении и устранении радикалов, но и о выявлении слишком влиятельных и, соответственно, опасных лично для Хосни Мубарака фигур. Фактически задачей Омара Сулеймана было не допустить повторения ситуации конца 1980-х годов. В этот период при министре обороны маршале Абу Газале египетская армия по примеру турецкой старалась играть слишком независимую роль от политического руководства.
Правление Мубарака отрицательно воспринималось военными из-за потери армией той элитной роли, которую она привыкла играть в жизни Египта. Она всё больше превращалась во внутренние войска, используемые для охраны морских курортов, туристических достопримечательностей и газопровода в Израиль. Фактически Мубарак повторял ошибку короля Фарука, который вопринимал армию в качестве инструмента для наведения порядка внутри страны.
Для борьбы с чрезмерной политизированностью военных, ассоциировавшейся с "насеризмом", Мубарак продолжил линию Садата по "мягкой исламизации" армии: генералы и офицеры совершают намаз и имеют свою квоту для совершения хаджа. Кроме того, несмотря на подписание мирного договора противостояние с Израилем являлось идеологической основой египетской армии. Достаточно сказать, что главными её достижениями по-прежнему считается "победа" в Суэцком конфликте и на первом этапе войны 1973 г. (прорыв линии Бар-Лева). Однако и этот аспект армейской идеологии оказывался в противоречии с довольно тесными отношениями между Каиром и Тель-Авивом при Мубараке.
Положение Братьев было еще более сложным. Дело в том, что в последние годы режим усилил давление на своего основного политического конкурента. По гостелевидению во время месяца рамадан показывали дискредитирующий движение сериал "Братья". Ключевые бизнесмены из среды Движения были арестованы за финансирование слишком успешной избирательной кампании Братьев. А перед последними выборами режим превентивно "закрыл" всех потенциальных кандидатов Движения. Для прикрытия своих действий режим активно начал разыгрывать тему терроризма. В рождественский период были организованы взрывы в коптских церквях, после чего должны были последовать акции спецслужб в отношении Движения. То есть делалось всё, чтобы объявить Братьев-мусульман вне закона.
