Монастыри различались между собою по своей зависимости от высших властей, по значению своих настоятелей, по взаимному отношению друг к другу, по внутреннему устройству.
Все русские монастыри по законам церковным находились в зависимости от своих епархиальных архиереев. Но один монастырь, именно московский Симонов, еще при первом своем настоятеле Феодоре, взят был в непосредственное ведение Константинопольского патриарха и назывался патриаршею ставропигиею. Еще некоторые монастыри, преимущественно из основанных князьями, состояли в непосредственной зависимости от князей, каковы: Ольгов рязанский, Предтеченский полоцкий, Онуфриевский мстиславский и другие. Князья-покровители не только заботились о содержании и защите своих обителей, но и о внутреннем их благоустройстве, сами участвовали в избрании и переменах монастырских властей, сами судили их, а иногда и прочих иноков по делам монастырским. Местные епископы не имели никаких прав на эти монастыри и могли судить их настоятелей только по делам собственно духовным, и то вместе с князьями. Были также монастыри, принадлежавшие непосредственно митрополитам, исключительно от них зависевшие и считавшиеся их извечными: это Константиновский и Борисоглебский владимирские, Благовещенский нижегородский и Чудов московский.
Монастыри управлялись одни игуменами, другие архимандритами. Число последних, прежде очень ограниченное, теперь значительно возросло. Это имя носили настоятели монастырей: в Москве – Спасского, Симонова, Чудова, Петровского, во Владимире – Рождественского, в Суздале – Спасо-Евфимиева, в Ростове – Авраамиева, в Ярославле – Спасо-Преображенского, в Нижнем Новгороде – Печерского и Благовещенского, в Твери – Отроча, в Переяславле – Горицкого, в Новгородке Литовском – Лаврашевского, в Мстиславле – Онуфриевского и других. В Новгороде, несмотря на умножение монастырей, оставался один архимандрит юрьевский, и только однажды упоминаются два архимандрита. В Пскове постоянно упоминаются только игумены, а с начала XV в. иногда и архимандриты. Настоятели Киево-Печерской лавры именовались то игуменами, то архимандритами. Некоторые архимандриты, например преподобный Евфимий Суздальский, в качестве особого преимущества получали право священнодействовать в митре и с рипидами.
В числе монастырей большая часть были самостоятельные, не зависевшие от других монастырей, и были несамостоятельные, приписные к другим. Так, к Троицкой Сергиевой лавре были приписаны монастыри: Юрьевский Успенский на Войновой горе, Георгиевский в Раменце и Никольский на Шексне; к тверскому Отрочу – тверские же монастыри: Воскресенский за Волгою, Богородицкий на бору, Спасский во Зезях, Воскресенский и Богородицкий на Шоше, Воскресенский в Бардинском на Шеше и Богородицкий на Гостомле; к нижегородскому Спасо-Евфимиеву – Гороховский монастырь святого Василия на Клязьме. Приписные монастыри находились в полном распоряжении своих главных монастырей: оттуда получали настоятелей, туда давали отчет во всем. Между женскими монастырями не встречаем подобного подчинения одних другим, но были, кажется, женские монастыри, как бы приписные к мужским, составлявшие вместе с ними две половины одних и тех же монастырей под управлением одних настоятелей. К таким монастырям не без основания можно относить Хотьков, в котором приняли пострижение и погребены отец и мать преподобного Сергия Радонежского; Лазаревский Городецкий, где в 1367 г. во время вечерни страшный гром побил чернецов и черниц; тверской Богородичный на Шеше и новгородский Воскресенский на Красной горке, которые названы в летописях
