Торквемада приказал не откладывать суда над заключенными из-за недостаточности улик. Закрытый характер инквизиционных процессов был усилен. Число новых узников инквизиции было громадно. Трибунал не знал, куда помещать осужденных, и узники отбывали пожизненное заключение на дому, с запретом выходить оттуда. Инквизиция не хотела тратить деньги на содержание заключенных, которых обязали заниматься ремеслами. Произвол оставался основной особенностью инквизиционных трибуналов. Их жертвы подвергались жестоким истязанием под покровом тайны, свидетели клеветали, на кого хотели. Многие во имя спасения себя и своей семьи записывались в шпионы инквизиции. Торквемада начал уничтожать книги, доходя до последних границ вандализма. Инквизиция жгла книги не рассматривая их. Горели шесть тысяч изданий разных авторов, опасных для религии, множество еврейских книг. Сгорела знаменитая библиотека королевского принца Генриха Арагонского. Папа римский хотел низложить Томаса Торквемаду, но за него яростно заступились Фердинанд и Изабелла. Великий инквизитор боялся, что его убьют, и везде ездил с охраной из пятидесяти всадников и двухсот пехотинцев. Томас Торквемада умер в сентябре 1498 года. За восемнадцать лет его деятельности было заживо сожжено более десяти тысяч человек, в виде изображений – семь тысяч человек. У ста тысяч человек было конфисковано имущество и они были оставлены без работы и средств существования. К концу XVI века население Испании сократилось с десяти до шести миллионов человек.
Невежество и суеверие инквизиторов более всего отражали суды над так называемыми колдунами и чародеями. Совершенно непонятно, как грубые и необразованные крестьяне, не имевшие понятия о законах физики и химии, могли быть опасными колдунами и настоящими чародеями.
В 1507 году инквизиция в Калахаре сожгла тридцать женщин – колдуний и чародеек. Их обвинили в том, что они признавали своим хозяином дьявола и установили для него специальный культ. За это дьявол давал им власть навлекать на животных болезни, вредить земледелию и урожаям, предвидеть будущее и знать тайны.
В 1527 году в Наварре нашли множество колдуний. Описание инквизиционного процесса сохранилось: «Две девочки девяти и одиннадцати лет сами себя обвинили перед трибуналом в том, что они колдуньи и члены секты. Они обещали называть всех колдуний секты, если им обещают помилование. Девочки сказали, что могут узнать колдуний по выражению левого глаза человека. Они показали место, где колдуньи собирались на шабаш.
