Отныне Кратер становится незаменимым во время карательных операций и на охоте — на льва или на человека — в Бактриане и Согдиане. Так, он осаждает «Кирополь» (Ура-Тюбе к юго-западу от Ходжента в Таджикистане). Во время приступа они с царем ранены. Город стерт с лица земли, население предано мечу. Несмотря на предостережения врачей и предсказателей, царь хочет перейти Танаис (Дон?). Кратер, льстивый придворный, подталкивает его. На пути из Самарканда царь с Кратером предают всё огню и мечу, мстя за разгром македонянина Менедема. Вместе с конницей Кратер истребляет тысячу дахов на краю Каракумов, черной пустыни Туркменистана. Затем он «зачищает» долины к западу от Памира, где взбунтовались два правителя, и повсюду его сопровождает череда кровавых расправ и убийств. Никакой пощады жителям захваченных городов. Весной 327 года через Хайберский перевал войско вступает в Индию. Кратер командует всей фалангой. Вероятно, именно в это время вспыхивает ссора между Гефестионом, сердечным другом царя, и Кратером, его жестоким приверженцем. От слов они переходят к делу. Царь разделяет их роли. Кратер будет исполнителем его воли среди македонян и греков, Гефестион — среди персидских воинов. В то время как тяжелораненый царь спускается в корабле по громадному Инду, Кратер идет по берегу и мимоходом овладевает решившими оказать сопротивление городами, укрепляет столицу Мусикана (Алор?), устраивает охоту на восставших брахманов и, наконец, в Паттале в дельте Инда (близ современного Хайдарабада) отделяется от наиболее подвижной части войска (июль 325 года). Вместе с ветеранами, наименее стойкими союзниками и наиболее тяжелым багажом он, чтобы вернуться в Персию, следует долгим северным путем протяженностью около 2500 километров, через Кветту, вдоль южных отрогов гор Чагай, Бама и, возможно, через Керман (Иран), будучи наделен неограниченными полномочиями карать непокорных и бунтовщиков. Несколько знатных персов в Ларистане жизнями заплатят за попытку мятежа. Обе части армии соединятся около Шираза в ноябре 325 года. В Сузах весной 324 года Кратер женится на Амастрине, племяннице Дария; затем он должен отвести в Македонию десять тысяч отпущенных из войска солдат и сменить регента Антипатра. Это означает, что в будущем он станет царем Европы. Но 10 июня 323 года Александр умирает в Вавилоне. Очень (быть может, даже слишком) популярный у воинов фаланги, Кратер добивается от делящих между собой власть полководцев лишь одного титула:
