Большое значение Общество Иисуса предавало работе в Германии. К Бобадилье и Леже был прислан Фабер и все они участвовали в переговорах в рейхстагах Регенсбурга и Вормса, где поначалу их чуть не утопили в Дунае. Альберт Баварский разрешил выстроить коллегии в Ингольштадте и Мюнхене. Коллегии были открыты в Майнце, Трире, Граце, Галле, Деллингене, в северных германских провинциях.
В Австрии иезуиты появились в 1554 году, а через семь лет получили разрешение властей проповедовать во всех наследственных землях императорской короны. Преемник Карла V император Фердинанд I разрешил открыть коллегии в Вене, Инсбруке, Праге. При коллегиях почти всегда действовали типографии. Это было очень дорого, учитывая, что число коллегий насчитывало несколько сотен, но Общество Иисуса на знаниях не экономило. Коллегии были открыты в Тироле, Аугбурге, Кельне, Кобленце, Шпейере, Регенсбурге, Мюнстере, Падсборне, Констанце, Гильдейме, Бамберге, Пассау, Эйхштедте, Клагенфурте, Любеке, Чехии, Моравии, Силезии. В 1570 году иезуитам были переданы Венский и Пражский университеты, в Граце они открыли новый.
В Испании в 1548 году иезуитам был передан Гандийский университет. В тогдашней испанской столице Вальядолиде с 1543 года работали Фабер и Араос. Иезуитам покровительствовали хорошо знавшие род Лойолы испанские король Филипп II и королева Мария Португальская. Испанский гранд и будущий генерал ордена Франциск Борджиа-Гандия, правнук знаменитого короля Фердинанда Католика, помог иезуитам основать в университетском городе Алькала первую их коллегию в Испании. Коллегии Общества Иисуса открылись в Малаге, Гренаде, Кордове, Севилье, Бургосе, Барселоне, Мурсии, Плаценции, Компостелле, Овьедо, Леоне, Медельине, Авели, Куэнце, Монте Реджино, Оригелле, Монтейле, Оньяте. Работа Петра Фабера в Испании была великолепна, но он в 1546 году скончался в Риме. Сменивший его Араос не боялся никаких трудностей. Кардинал Франсиско Мендоса дал средства и Араос основал великолепную коллегию в университетской Саламанке, где дествовал один из самых знаменитых испанских университетов. Иезуиты начали учить, проповедовать, исповедовать, в соответствии с папской буллой без разрешения местных епископов. Толедская епархия и университетские профессора были очень раздражены. Толедский архиепископ не посчитался с папскими разрешениями, наложил запрет на иезуитские проповеди и исповеди и пригрозил отлучением от церкви всем, кто исповедовался у духовников Общества Иисуса. Духовенство Толедской епархии получило его приказ запретить иезуитам проводить богослужения. Когда Лойоле доложили об этом, он скорее обрадовался, чем огорчился. На следующий день были отправлены письма о неподчинении Толедского епископа Святому Престолу. Толедскому епископу напомнили о папской булле 1549 года. Говорили, что он вдруг скончался от огорчения. Профессор Саламанского университета и монах Доминиканского ордена Мельхиор Кано громко заявил, что наступает конец света, так как в лоне церкви появились посланники Антихриста. Профессор богословия стал говорить о этом в публичных лекциях, проповедях, беседах, называя членов Общества Иисуса лицемерными врагами религии, самолюбивыми, сребролюбивыми, гордыми, надменными, злоречивыми, непокорными, неблагодарными, нечестивыми, недружелюбными, клеветниками, жестокими, невоздержанными, не любящими добра, предателями, наглыми, напыщенными, сластолюбивыми, прокрадывающимися в дома. На иезуитов в Саламанке стали показывать пальцами, основываясь только на лекциях Кано. Начались разговоры об изгнании из города этих опасных людей. Кано показали папские буллы о привилегиях Общества Иисуса. Его начальник, генерал Доминиканского ордена, прислал Кано особую рекомендательную грамоту об ордене иезуитов. Профессор богословия ответил, что его обязанность предупреждать народ, что в недрах церкви скрываются ее злейшие враги. С Кано больше не стали спорить и римский папа назначил его епископом Канарских островов. Профессор перестал говорить о необходимости народного просвещения и тут же согласился.
