Деятельность увеличивавшихся и увеличивающихся коллегий Общества Иисуса вызвала противодействие университетов и других высших европейских учебных заведений, получавших высокопрофессиональных конкурентов и начавших терять доходы. 22 октября 1552 года папа Юлий III опубликовал буллу, согласно которой, в числе прочих привилегий, Обществу Иисуса разрешалось присваивать своим студентам ученые степени: «в случае, если ректоры университетов, при которых находятся иезуитские коллегии, не согласятся дать степень доктора философии и богословия ученику этих коллегий, то генерал, провинциал, их уполномоченные или ректор коллегии с согласия трех докторов имеют право дать эту ученую степень помимо университета. Лица, получившие ее таким образом, должны пользоваться всеми теми же правами, достоинствами, преимуществами и вольностями, как и те, кто получил ее от университета». Право присваивать ученые степени получили и те коллегии, которые находились в городах, в которых не было университетов. Иезуитские коллегии были почти уравнены в правах с университетами, а их ректоры – с университетскими ректорами. Это стало большим событием для Общества Иисуса – в средневековой Европе советские и духовные должности могли занимать только дворяне или доктора наук.
В январе 1552 года во главе с отцом Симоном Родригесом была создана провинция Арагон, в июле 1553 года – Бразильская провинция во главе с отцом Мануэлем де Нобрегу. По просьбе Петра Канизия в июле во всех римских и других церквях иезуиты молились за Германию, Англию и северные страны Европы. В январе 1554 года в Испании были учреждены уже три провинции Кастилия, Арагон и Бетика. Игнатий Лойола захотел лично возглавить миссию ордена в Африку, но Общество Иисуса этому воспротивилось. В марте 1554 года орден иезуитов получил разрешение Святого Престола основать свои коллегии в Иерусалиме, Константинополе и на Кипре. Были основаны коллегии в Трансильвании и Польше. Отец Игнатий начал диктовать секретарям свою биографию, дошедшую до нашего времени. 1 ноября 1554 года генеральным викарием Общества Иисуса был назначен отец Надаль, ассистент Лойолы. Сам Игнатий часто болел, по несколько месяцев оставаясь в постели, но орденом руководить продолжал. В декабре он распорядился, чтобы при каждой коллегии был создан новициат для учеников Общества Иисуса. В августе 1555 года была учреждена Французская провинция ордена. В июне 1556 года открыта провинция Верхняя Германия во главе с отцом Петром Канизием и тут же была создана провинция Нижняя Германия во главе с отцом Бернардо Оливерио.
