Екатерина Великая запретила властям вмешиваться во внутреннюю жизнь ордена иезуитов, в его устав и правила, объявив, что они находятся в полном соответствии с законами Российской империи. В октябре 1782 года на собрании в Полоцке генеральным викарием Общества Иисуса более чем тридцатью профессами, съехавшимися со всего мира, был избран ректор Полоцкой академии Станислав Черневич. Нового руководителя духовных рыцарей с избранием поздравил специально прибывший в Полоцк Григорий Потемкин, второй человек в Российской империи. В 1784 году противники ордена в московском масонском журнале опубликовали антииезуитские материалы, как всегда не затруднив себя доказательствами. Екатерина тут же приказала московскому обер-полицмейстеру изъять журнал из продажи: «все экземпляры отобрать, ибо дав покровительство наше этому ордену, не можем позволить, чтобы от кого-либо малейшее осуждение ему было сделано».
В мае 1797 года Оршанскую иезуитскую коллегию ордена иезуитов посетил император Павел I. В 1800 году иезуитская коллегия была основана в Санкт – Петербурге, при римско-католической церкви святой Екатерины. Новый генеральный викарий Гавриил Грубер часто беседовал с новым императором. 11 августа 1800 года Павел I отправил римскому папе Пию VII письмо об официальном восстановлении Общества Иисуса в России: «Святейший мой Отец! Почтенный отец Груббер, начальник монахов Общества Иисуса, пребывающих в Моем государстве, передал мне желание членов этого Общества о том, чтобы оно признано было Вашим Святейшеством. Я почел себя не вправе отказать в ходатайстве такому ордену, в котором Я принимаю особенное участие, о формальном его признании Вашим Святейшеством, в той надежде, что эта моя просьба не будет безуспешна».
Папа Пий VII 7 марта 1801 года издал буллу «De Catholicae Fide», которой восстановил орден иезуитов в России со всеми прежними правами и привилегиями. Тогда же Павел I доверил иезуитам образование и просвещение в западных российских губерниях, поставив их во главе Виленской академии. При Санкт – Петербургской коллегии была открыта школа – «Петербургский коллегиум Святого Павла», позже «Дворянский коллегиум». Папа Пий VII направил письмо генеральному викарию Общества Иисуса в Москве:
«Возлюбленный Наш Сын!
Спасение и апостольское благословение.
Мы, которым Провидение призвало, несмотря на Наше недостоинство, к трудным обязанностям апостольства, рассуждая, что долг Нашей пастырской заботливости состоит в том, чтобы ободрять и вознаграждать Нашей милостью и любовью тех духовных лиц и священников, которые с ревностью стараются возделывать царство Господне, признали, что нет ничего лучше для искоренения порока, для утверждения правил нравственности и для научения народа христианской религии, как соединить их вместе, под одним начальником, так, чтобы их соединение было утверждено общими для всех правилами и законами.
