Как только состоялось примирение, Антоний, Октавиан и Лепид образовали триумвират, который должен был действовать до 31 декабря 38 г. до н. э. Была достигнута договоренность о том, что Римом и Италией они будут править совместно втроем, а провинции подпадают под раздельное управление: Антоний и Лепид получают их большую часть, а Октавиан получает лишь Африку, Нумидию и острова. Затем было решено, что каждому из них следует избавиться от своих врагов, изгнав или перебив их. Был составлен список из ста сенаторов, и около двух тысяч других богатых и видных людей также подверглись преследованиям и были убиты самым безжалостным образом; это были ужасные сцены, которых немного было в мировой истории. Цицерон стал одной из жертв, пострадав за свое враждебное отношение к Антонию, теперь возглавлявшему триумвират. Антоний занимал теперь такое положение, что мог отказаться рассмотреть просьбу Октавиана о помиловании оратора. Имущество осужденных людей было конфисковано, и благодаря этим богатствам, полученным неправедным путем, триумвиры благоденствовали и осуществляли свое правление.
Брут и Кассий, возглавлявшие заговор, который привел к смерти Цезаря, теперь дошли до открытых столкновений с Антонием и Октавианом и собирали армию в Македонии. Одно время Кассий подумывал о том, чтобы вторгнуться в Египет и завладеть деньгами и кораблями Клеопатры. Но царица, которая была готова ко всем случайностям, избежала этой беды. Разумеется, она была непримиримым врагом Брута и Кассия, убийц ее любимого Цезаря, но, с другой стороны, она не могла связывать свою судьбу с триумвиратом, потому что в него входил Октавиан, соперник ее сына Цезариона в борьбе за наследство диктатора. Вероятно, ее очень тревожило урегулирование разногласий между Октавианом и Антонием, так как оно показывало, что Клеопатра больше не может полагаться на Антония как на своего защитника.
Некоторое время спустя Долабелла, который теперь стал другом Антония и выступал против Брута и Кассия, попросил Клеопатру послать к нему на помощь легионы, оставленные диктатором в Александрии, и приблизительно в это же время подобная просьба поступила от Кассия. Клеопатра, естественно, отклонила просьбу последнего и ответила на просьбу Долабеллы. Но Кассий сумел получить от Серапиона, вице-короля царицы на Кипре, несколько египетских кораблей, которые были переданы ему без ее разрешения. Позже Долабелла потерпел поражение от Кассия, но это не сильно повлияло на Клеопатру, так как ее легионы не успели дойти до него вовремя и не были разбиты. Следующий шаг царицы был, естественно, враждебным по отношению к ее врагу Кассию. Она предприняла попытку присоединиться к Антонию. Этот маневр, однако, был совершен нерешительно из-за ее неуверенности в его отношениях с Октавианом, соперником ее сына. И когда поднялся сильный шторм, который разбил много ее кораблей и замучил ее морской болезнью, она оставила эту попытку.
