Городами реестровых казаков стали Киев, Белая Церковь, Корсунь, Константинов, Бар, Черкассы, Чичирин, Кодак, Ямполь, Брацлав, Винница, Умань, Чернигов, Лубны, Переяславль, Фастов. Однако несколько десятков тысяч казаков лишились казачьих прав и привилегий и должны были перейти в крестьянское сословие – «поспольство», рискуя стать крепостными польских панов. Казаки и все охочекомонные пошли в Запорожскую Сечь, которая была полностью независимой, несмотря на попытки Батория обуздать запорожцев, которые вопреки запретам короля выбирали себе кошевого атамана. Посланцев короля, приехавших за казацкой свободой, топили в Днепре. Число запорожцев достигло двадцати тысяч воинов. С этого времени и пошло разделение украинских казаков на реестровых, городовых и запорожских, низовых. Исследователь начала ХХ века писал о начале Запорожской Сечи:
«Некогда мирные артели рыбаков, чабанов и чумаков превратились теперь в благоустроенное войско, не признававшее под собой ничьей власти. Теперь у запорожцев были свои земли, которые они ревностно оберегали; были свои подданные – все те колонисты, которые жили под их крылом в степи. На Украине и в чужих землях их считали «славными рыцарями», твердым оплотом христианства против мусульман, а вскоре они выступили также против гордых ляхов, как борцы за поруганную веру и угнетавшийся панами народ украинский.
Главным средоточием запорожских земель была укрепленная Сечь – Сича. Там пребывали власти, квартировала главная вооруженная сила, там была гавань для всех приходивших с моря судов. Сначала Сечь была на острове Хортица, потом ее переносили несколько раз дальше вниз по Днепру, поближе к Крыму, на разные днепровские острова: Базавлук, Томаковку, на острове у устья Чертомлака. Запорожцы для постройки своей Сечи всегда выбирали неприступные места. Одна только плавня Великого луга тянулась на 45 верст в длину и 20 в ширину, оберегая казаков с татарской стороны. Сечь была совершенно неприступна с трех сторон: с юга лежала сеть плавней до самого Днепра, с севера был лиман, а с запада – высокий берег реки Базавлука. Зимою запорожцы обкалывали лед у наиболее доступной части своего острова и не давали воде покрыться толстым слоем, чтобы неприятель не мог пробраться к ним сухим путем.
Найдя удобное место, запорожцы высекали на нем лес и приготовляли бревна для частокола; отсюда, как полагают, произошло и самое слово «Сечь». Сечь была окружена рвом и земляным валом с пролазами к реке. Чтобы вал не осыпался, его укрепляли частоколом, бревна которого сверху были заострены, а снизу просмолены. Чертомлыцкая Сечь имела по валу 900 сажен вокруг.
