Тщательное рассмотрение фрески заставляет объективного наблюдателя задать явно нелепый вопрос: а на апостола ли Иоанна мы смотрим? Более того, мужчина ли это? Возможно, разгадкой является форма, которую он образует с фигурой Иисуса — огромная, широко расставленная буква «М» — и тот факт, что есть намек на золотое ожерелье вокруг «его» шеи и темное пятно там, где должна быть «его» грудь. Сомнений нет, это не Иоанн, не ученик мужского пола, но женщина, что имя начинается с «М», которая явно была центральной фигурой на Тайной вечере, во всяком случае по мнению Леонардо. Это Мария Магдалина с бледным миниатюрным личиком и узкими женскими плечами. Даже смутный намек на бороду — крошечная опушка каштановых волос — не препятствует восприятию ее женственной сущности.
Есть еще одно подтверждение того, что Леонардо верил в обязательность ее присутствия на сцене, которое заключается в цвете, использованном художником: ее одежды представляют собой прямое зеркальное отражение одежд Иисуса. На нем синяя туника и красный плащ, тогда как на ней красная туника и синий плащ, при том что покрой одежд совершенно одинаков. Может быть, это зашифрованное послание Леонардо о том, что Мария Магдалина — это «другая половина» Иисуса: на любом языке это означает жену или возлюбленную? Но в композиции есть еще один неожиданный поворот: нет ли в том, что Леонардо изобразил Марию Магдалину отклоняющейся от Иисуса, другого, более глубокого смысла, помимо необходимости изобразить букву «М»? Какова глубинная причина этого? Почему любовница или жена пытается столь далеко удалиться от партнера, как будто она в смущении или желает дистанцироваться от каких-то сторон его характера, действий или верований?
Несмотря на выражение абсолютной безмятежности (которое всегда свойственно членам Святого семейства в работах Леонардо), Мария не выглядит находящейся в безопасности. Ученик, стоящий рядом с ней, выписан так, будто рубит ребром ладони ее нежную шейку — вряд ли случайная деталь композиции для художника, а Леонардо был фанатично точен в композиционных деталях, не говоря уже о скрупулезном подходе к символике. В конечном итоге, в его времена было очень мало способов выразить для потомства свои истинные мысли — искусство было одним из них, хотя и опасным, если ваши взгляды отличались от ортодоксальных. Вот почему оказались востребованы символы и коды. Но кто этот ученик, которому хочется снести ей голову? Кто из двенадцати желает Магдалине смерти? Эта угрожающая седовласая фигура есть не кто иной, как святой Петр — основатель Римской церкви и — как мы увидим далее — несомненно, не друг по отношению к «другой половине» Иисуса. Но заметьте: композиционно, одну сторону большого «М» составляет узел, в котором сплетены — Магдалина, она же святой Иоанн, святой Петр и — Иуда. Мы знаем, что двое из них выражали большие или меньшие сомнения в Иисусе, возражая ему и предавая его, но что касается третьей фигуры, то… Но Магдалина не единственная, кому угрожают за этим столом, ученик грозит пальцем — «жест Иоанна» — почти оскорбительно прямо перед безмятежным лицом Искупителя.
