Таким образом, Ньютон стал одним из тех, кому довелось предстать перед судом Верховной комиссии и воочию увидеть, что такое высочайший гнев, гнев короля. Суд Верховной комиссии возглавлял в то время влиятельный и печально знаменитый судья Джеффрис, известный также как «судья-вешатель»: в «Истории моего времени» Гилберт Барнет пишет, что Джеффрис был «либо постоянно пьян, либо в ярости». Ньютону и восьми его коллегам пришлось четырежды оказаться перед его судом – по всей видимости, Джеффрис тогда находился во втором из названных состояний. Судья обвинил Джона Печелла, вице-канцлера университета, в «акте величайшего неповиновения» и мигом лишил его и поста, и дохода. Казалось, и прочих ждет такое же наказание, однако решимость Ньютона, похоже, лишь укрепилась. К декларации, подготовленной университетом, он добавил еще один пункт, где было сказано, что «смешение папистов и протестантов в одном университете не приведет ни к счастливому, ни к его долгому существованию. Подобно тому как обмеление истока иссушает порождаемый им речной поток, так и нация скоро придет в упадок от подобной практики». Декларация так и не была передана по назначению – вероятно, к счастью для Ньютона.
На последней их встрече судья решил обойтись с кембриджскими профессорами мягко и приписал их неподчинение пагубному влиянию бывшего вице-канцлера. «Посему имею сказать вам то же, что сказано в Писании, и не более того, ибо большинство из вас – богословы: иди, и не греши больше, чтобы не случилось с тобою чего хуже».[37] Так что они вернулись в Кембридж относительно целыми и невредимыми; и, что еще важнее, власть больше не давила на них по поводу отца Френсиса. Очевидно, король Яков понял, что общественное мнение в стране поворачивается против него. (Кстати, не прошло и двух лет, как Джеффрис умер, причем в тюремной камере.)
Несмотря на опасные обстоятельства, первый опыт участия в общественной деятельности, похоже, возбудило в Ньютоне аппетит к публичности, к жизни, не ограниченной стенами университета. И такие возможности у него появились – они были обусловлены прибытием в Англию Марии II и Вильгельма Оранского, губернатора Нидерландов, а кроме того, новым подъемом протестантской этики не только в Уайтхолле, но по всей стране. Ньютон приветствовал Славную революцию 1688 года, в ходе которой Яков II был низложен и на трон взошли Мария и Вильгельм, всячески демонстрировавшие свой непреклонный протестантизм. 15 января 1689 года Ньютона избрали одним из двух представителей университета: он вместе со своим коллегой должен был принять участие в заседаниях национального собрания, которому предстояло утвердить результаты революции во внутренних делах страны. Власти запомнили твердость и четкость его позиции в ситуации, связанной с бенедиктинским монахом. Кроме того, теперь его окружала слава и почет как автора недавно опубликованных
