Большинство наблюдателей считали, что стали свидетелями прохождения двух комет, однако Джон Флемстид твердо верил, что это – два появления одного и того же небесного тела, движущегося вокруг Солнца. Он сообщил свою теорию Ньютону, который поначалу отверг эту идею – а точнее, отверг рассуждения Флемстида о магнитных полюсах Солнца. По всей видимости, в ту пору Ньютон еще не разработал собственную теорию всемирного тяготения, но начал вычерчивать возможные траектории, проверять гипотезу, согласно которой эта комета действительно перемещалась по эллиптической орбите, а не стала каким-то одиночным и случайным вторжением из космического пространства. Он стал размышлять над тем, какие выводы можно сделать из подобных фактов, и его размышления принесли плоды уже в течение ближайших нескольких лет. Тогда же он создал теорию о «цели» комет. В первом издании Principia Mathematica он высказал идею о том, что светящийся «хвост» комет содержит жизненно необходимые вещества для «пополнения» жизни на Земле. Более того, во втором издании своего трактата он предположил, что сами кометы, как мы теперь бы выразились, дозаправляют топливом Солнце и звезды. Вероятно, это можно воспринимать как проявление оккультных сторон Ньютоновой научной мысли. Его записные книжки свидетельствуют, что в то время он по-прежнему усердно занимался алхимическими опытами.
Между тем он лишился присутствия своего соратника и помощника Джона Уикинса, делившего с ним жилище еще со студенческих дней. Двадцать лет они оставались близкими товарищами, но в 1683 году Уикинс вышел из состава членов Тринити, чтобы принять священнический «бенефиций» (приход) в сельской местности. После его отъезда они лишь однажды обменялись краткими письмами, не выражавшими особой теплоты и дружелюбия. Вполне возможно, они просто стали несовместимы друг с другом или же между ними возникли какие-то разногласия. Судя по всему, Ньютон посылал Уикинсу бесчисленные экземпляры Библии для раздачи окрестным беднякам, так что, по крайней мере, религиозное чувство их по-прежнему объединяло.
Место Уикинса занял многообещающий молодой ученый из грантемской школы, которую Ньютон сам некогда посещал. Молодого человека звали Хамфри Ньютон, и можно предположить, что они были родственниками, однако доказательств этого так и не удалось найти, да и сам юный Ньютон никогда не выражал притязаний на родство. Фамилия Ньютон не так уж редко встречалась в Линкольншире, так что это, скорее всего, просто совпадение. Хамфри проработал ассистентом и секретарем Ньютона пять лет и в этом качестве имел огромные возможности для наблюдения за своим работодателем. Позже в мемуарах он описывал его как человека «весьма мягкого, сдержанного и скромного, никогда не выказывавшего гнева, глубокомысленного, с лицом кротким, приятным и радушным». На других Ньютон производил совсем иное впечатление: Хамфри наверняка старался, не без удовольствия, представить идеализированный портрет. Он добавлял, что его хозяин ел и пил весьма умеренно, отличался чрезвычайной рассеянностью, а во время ученых занятий не ложился в постель до двух, а то и до трех часов ночи. Похоже, он спал не раздеваясь и, если его не остановить, мог выйти на улицу непричесанным и со спущенными чулками. В лаборатории постоянно горел огонь, хотя Хамфри Ньютон признаёт, что «не мог понять, для каких целей», – проявление благоразумной сдержанности со стороны помощника. Он пишет и о том, что за пять лет Ньютон при нем засмеялся лишь однажды – когда кто-то спросил его, какая польза от изучения Евклида. Впрочем, смысл этого смеха понятен.
