Наблюдая за грузинским эмигрантом Деканози, Манасевич-Мануйлов «вышел» на японского разведчика, бывшего военного атташе в Петербурге М. Акаси и установил его связи с русскими либералами (в частности, кадетами; восклицания членов «Союза меча и орала» из «12 стульев»: «Кадеты Финляндию продали, у японцев деньги брали…» ближе к действительности, чем кажется читателям) и эсерами.
Служебные успехи Манасевича-Мануйлова были вознаграждены орденом Св. Владимира IV степени. В то же время новое руководство Департамента полиции не согласилось с его предложениями об учреждении «наблюдения» в важнейших западноевропейских портовых городах, (поддержанными послом в Париже А. И. Нелидовым. 28 июля 1905 г. Ивану Федоровичу было приказано вообще «ликвидировать дела по возложенным на него поручениям» и вернуться в Россию. В итоге после назначения генерала Д.Ф. Трепова товарищем министра внутренних дел и П.И. Рачковского — заведующим политической частью Департамента полиции Манасевич-Мануйлов был освобожден от своих обязанностей и откомандирован в распоряжение председателя Совета министров графа С.Ю. Витте. 1 сентября 1906 г. он был уволен в отставку, после чего занимался журналистикой в «Новом времени» и «Вечернем времени».
Затем карьера пошла на спад и даже 21 января 1910 г. по распоряжению товарища министра внутренних дел и командира Отдельного корпуса жандармов генерала П. г. Курлова у Манасевича-Мануйлова был произведен обыск в виду поступивших сведений о его контактах с В.Л. Бурцевым и продаже ему секретных документов Департамента полиции, но обыск оказался безрезультатным и дальнейших последствий не имел.
В 1915 г. Манасевич-Мануйлов был личным информатором товарища министра внутренних дел С.П.Белецкого, осведомителем следственной комиссии генерала Н.С. Батюшина и одним из близких к Распутину людей. В конце того же года был причислен к Министерству внутренних дел, а после назначения в январе 1916 г. Б.В. Штюрмера Председателем Совета министров откомандирован в его распоряжение. Карьера его дала трещину после отставки Штюрмера (который планировал назначить Манасевича-Мануйлова заведующим Заграничной агентурой Департамента полиции). Но вместо Парижа осенью 1916 года Иван Федорович попал в тюрьму. Петроградским окружным судом 13–18 февраля 1917 г. по обвинению в шантаже товарища директора Московского соединенного банка И. Хвостова Манасевич был признан виновным в мошенничестве и приговорен к лишению всех особых прав и преимуществ и к заключению на 1,5 года, но уже 27 февраля 1917 г. был в числе прочих заключенных освобожден «революционерами Февраля» из Литовского замка (в котором уже начался пожар).
