Его заслуги были оценены в Петербурге, в доме 16 по набережной Фонтанки. Директор Департамента полиции А.А. Лопухин докладывал 3 августа 1904 г.:
«При открытии военных действий на Дальнем Востоке Департамент полиции при посредстве чиновника особых поручений при министре внутренних дел Мануйлова стал пытаться организовать правильное наблюдение за представителями японского правительства в западноевропейских государствах, и уже в феврале месяце благодаря полному содействию начальника французской секретной полиции Кавара и начальника Разведочного бюро при Министерстве внутренних дел Моро удалось получить копии всех телеграмм японской миссии в Париже, а также, ввиду существующей во французском Бюро секретной агентуры в японской миссии, г-н Мануйлов регулярно стал получать значительное количество документов из парижской миссии. Затем, по предположению французской полиции, г-н Мануйлов расширил свою деятельность и установил правильное наблюдение при посредстве домашней прислуги в японских миссиях в Лондоне и Гааге». В итоге только до конца июля было добыто более 200 японских документов.[12] В октябре, 1904 г. Манасевич-Мануйлов был вновь командирован в Париж с заданием «организовать разведочное бюро в Вене и Париже по наблюдению за действиями японцев» и по разработке грузинского революционера-эмигранта г. г. Деканози, подозреваемого в шпионаже в пользу Японии. Русским военным атташе во Франции, Италии и Австрии предписывалось оказывать ему «возможное содействие и помощь». По мнению современного исследователя, «речь, таким образом, шла о развертывании самостоятельного агентурного наблюдения за японскими дипломатами в Западной Европе, что, однако, не означало прекращения сотрудничества Департамента полиции с французскими специальными службами. Необходимость учреждения новой агентуры была вызвана еще и тем обстоятельством, что действовавшая в Западной Европе заграничная агентура Департамента полиции многие годы наблюдала за русской революционной эмиграцией, и осуществление «военных разведок», по признанию ее заведующего, было для него делом совершенно «необычным»… Выбор Мануйлова для этой цели объяснялся его опытом работы во Франции, а главное — успехами возглавлявшегося им Отделения по розыску о международном шпионстве. Уже в сентябре 1904 г. он… был неофициально признан «заведующим японскими делами» департамента».[13]
В Париже Манасевич-Мануйлов (при содействии дружественных француских спецслужб, предоставивших ему возможность использовать своих агентов, ранее завербованных в японских миссиях, а также с помощью привлеченных им самим к сотрудничеству новых источников информации) смог получить доступ к переписке послов Японии во Франции, Англии и Голландии с министром иностранных дел, донесениям в Токио военных и морских атташе из Парижа и Берлина, документам японских консульств в Амстердаме и Марселе. К лету 1905 г. «агентура» Мануйлова, состоявшая из 10 французов, давала информацию о шведской, сербской, китайской и английской миссиях в Париже, румынском и китайском посольствах в Лондоне, японской и английской миссиях в Брюсселе, германской — в Мадриде и японской в Гааге. «Кроме того, выполнялись разовые поручения департамента и продолжались тесные контакты с французской секретной полицией, по-прежнему снабжавшей Мануйлова копиями телеграмм японских дипломатов».
