В НКГБ (у наркома В.Н. Меркулова) 3-е (секретно-политическое) управление месяц (до марта 1941 г.) возглавлял С.Р. Мильштейн, одним из его заместителей был И.И. Илюшин, заместителями начальника 2-го (контрразведка) управления — Л.Ф. Райхман, Т.М. Борщев, в 1-м управлении НКГБ (разведка) в мае 1941 г. пост заместителя начальника занял Н.И. Эйтингон, только что вернувшийся из двухгодичной загранкомандировки (результатом которой стало убийство Л.Д. Троцкого).
Кратко коснемся участия евреев — сотрудников органов госбезопасности — в Великой Отечественной войне.
В объединенном НКВД подразделениями центрального подчинения руководили С.Р. Мильштейн (транспортное управление), А.Я. Герцовский (отдел «А» — учетно-архивный). Заместителями начальников управлений были Л.Ф. Райхман (2-е, контрразведка)[37] и И.И. Илюшин (3-е, секретно-политическое), Н.И. Эйтингон (Особая группа, затем 4-е управление, диверсионная деятельность на оккупированной территории). В 4-м управлении на руководящих постах работали С.Л. Окунь, Б.А. Рыбкин, Я.И. Серебрянский и др., много евреев было среди бойцов и командиров ОМСБОН (Героем Советского Союза стал посмертно Л.X. Паперник), спецотрядов 4-го управления (командир группы «Юрий» — Э.С.Куцин, зам. командира отряда «Победители» по разведке А.А. Лукин и др.).
В разведке работали за рубежом резиденты 1-го управления: в Стокгольме — Б.А. Рыбкин, в Турции и Мексике — Л.П. Василевский, в крупнейших городах США — г. М. Хейфец, Е.Ю. Зарубина и др.
Территориальные органы возглавляли С. Шустин (Кировская область), Т.М. Борщев (Свердловская область), М.М. Поташник (Молотовская область), Д.Р. Быков (Башкирия, Омская область).
Большое количество евреев-чекистов служило в военной контрразведке — особых отделах (с 1943 г. — ГУКР «Смерш» НКО), около 600 человек погибли в боях. Контрразведку фронтов и армий возглавлял М.И. Белкин, армий — И.Я. Лоркиш, И.И. Глина и др.
В пограничных войсках видными командирами были: полковник Яков Моисеевич Левинсон (в 1938–1939 г.г. — начальник штаба и временно исполняющий обязанности начальника УПВВ Украинского округа, с 1943 г. — начальник штаба войск Хабаровского пограничного округа), заместитель начальника Политуправления войск НКВД СССР был бригадный комиссар (впоследствии генерал-майор) Яков Ефимович Масловский.
3-м сектором Западного боевого участка Московской зоны обороты командовал майор Исаак Львович Кабаков (впоследствии полковник, командир 1-го мотострелкового полка ОМСДОН НКВД).
