Административно-организационное управление — начальник административного отдела А.П. Флексер, начальник организационного отдела И.М. Островский, начальник санитарной части М. г. Кушнер;
Управление лагерей (организовано в апреле 1930 г., с октября того же года — Главное управление) — первого начальника Управления Ф.И. Эйхманса (латыша) сменил в июне 1930 г. Л.И. Коган (бывший помощник начальника Особого отдела, также выдвиженец Е. г. Евдокимова, под руководством которого служил на Северном Кавказе), заместителем стал Матвей Давидович Берман, одним из 2-х помощников — Я.Д. Раппопорт.
После объединения в сентябре 1930 г. Контрразведывательного, Особого и Восточного отделов в Особый отдел одним из 2-х заместителей начальника отдела Яна Ольского (поляка) стал З.М. Залин, служивший под начальством Ольского на Западном фронте в 1920 г. (вторым заместителем стал С.В. Пузицкий).
После объединения в марте 1931 г. Секретного отдела и ИНФО-ПК в Секретно-политический отдел его возглавил Агранов, заместителем его стал Иван Васильевич Запорожец (украинец), начальником 1-го отделения (работа в городах, политические ссыльные, иностранные работники) — В.М. Горожанин.
В июле-августе 1931 г. по решению Политбюро в руководстве ОГПУ произошли крупные персональные изменения. Причиной послужило коллективное выступление второго зампреда и начальника ИНО С.А. Мессинга, начальника СОУ Е. г. Евдокимова, начальника ОО Я.К. Ольского, начальника АОУ, ГУПВО и Главной инспекции по милиции и уголовному розыску при ОГПУ И.А. Воронцова, полпреда ОГПУ по Московской области Л.Н. Вельского против первого зампреда Ягоды (в частности, они обвиняли его в фабрикации следственных дел на командиров Красной Армии — бывших офицеров царской армии). Уже один факт такого конфликта, в котором против еврея Ягоды выступили русские Евдокимов и Воронцов, евреи Мессинг и Вельский, поляк Ольский, показывает несостоятельность домыслов о якобы взаимной поддержке евреями друг друга (в частности, и в органах госбезопасности). Ягоду поддержал председатель ОГПУ В.Р. Менжинский, и хотя сам Генрих Григорьевич в итоге переместился с поста 1-го заместителя на должность 2-го зампреда (1-м замом стал Иван Алексеевич Акулов, старый партийный работник, в ЧК ранее не служивший, а 3-м зампредом руководитель украинского ГПУ Всеволод Аполлонович Балицкий), его противники пострадали гораздо серьезнее. По постановлению Политбюро были уволены из ОГПУ Мессинг, Ольский, Воронцов и Вельский, Евдокимов переведен из Центра (сперва в Ленинград, затем в Среднюю Азию). Агранов, не участвовавший в конфликте, был назначен членом Коллегии (как и преемник Мессинга в руководстве разведкой А.Х. Артузов) и в сентябре того же года перешел из СПО в ПП ОГПУ Московской области, вместо уволенного Вельского.
